衛生署疾病管制局於今（2008）年6月5日確認今年首例日本腦炎本土確定病例，為25歲男性，居住於雲林縣，於5月8日陸續出現高燒、倦怠、抽搐等症狀，5月10日送醫院加護病房治療，已於6月2日出院；其密切接觸者目前未出現不適症狀。該局與地方衛生局持續監測病例鄰近住戶及工作地之人員健康狀況，並實施相關防治措施。
2003年至2007年，以發病日統計，台灣地區有158例日本腦炎確定病例（2003年25例、2004年32例、2005年35例、2006年29例、2007年37例），其中4例為境外移入病例（分別為中國、印度、泰國及越南）外，其餘154例皆為本土個案，其年齡層以30至55歲佔大多數。根據歷年流行病學資料，日本腦炎主要流行季節為5-10月，病例高峰通常出現在6-7月。感染日本腦炎的潛伏期為5-15天，且大部分為無症狀感染，少部分輕微病例會產生頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者可能導致精神、神經性後遺症或死亡。
我國已於1968年全面接種日本腦炎疫苗，目前嬰幼兒疫苗接種率已超過93％，疾病管制局呼籲民眾，避免於黃昏後(病媒蚊活動的高峰期)，在豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點附近活動。若無法避免，請穿著長袖長褲、身體裸露處塗抹防蚊藥劑，避免蚊蟲叮咬，以降低感染風險。
該局再次呼籲民眾，尚未完成日本腦炎疫苗接種之適齡幼兒，父母親應儘速帶領幼兒前往衛生所或指定醫療機構完成接種，我國現行日本腦炎疫苗接種時程為出生滿15個月接種第一劑，間隔2週接種第二劑，隔年接種第三劑，國小一年級接種第四劑。工作或生活中有感染之虞且有意願接種的成人可前往全國26家署立醫院或分院自費接種。日本腦炎相關防治措施請參閱管制局網站：http://www.cdc.gov.tw，或撥打免付費民眾疫情通報及諮詢專線1922洽詢。