為保障民眾用藥安全，衛生署除設置上市後藥物監視制度外，強化不良品回收作業亦是確保藥物品質管理另一重要環節，為維護國人健康及確保合法藥物的品質與安全，衛生署自94年起即委託財團法人藥害救濟基金會辦理全國藥物不良品線上通報系統，收集國內不良品資訊，且地方衛生局監督所屬轄區藥商執行回收作業亦須經由本系統進行通報，使衛生署得以即時掌握不良品回收最新狀況，作為後續處理之依據；另為強化地方衛生單位即時獲知不良品資訊之功能，不良品線上通報系統於96年度新增藥檢局品質監控計畫化驗不合格案件登錄系統功能。
衛生署為使衛生單位線上通報作業發揮更大功效，提供地方?生局同步接獲不良品相關訊息，以利查緝及回收作業之進行，將整合地方衛生單位及藥檢局通報系統，藉由線上通報之便利性及即時性，而成為衛生署、地方衛生單位與藥檢局間不良品通報及回收資訊共同平台，提高通報效率及達成資源分享之行政效益。為此目的，衛生署委託財團法人藥害救濟基金會於5月5日、5月12日及5月19日分別假高雄市衛生局、台中文化大學推廣教育部、及衛生署完成召開南、中、北區「全國藥物不良品通報系統－衛生單位線上通報作業討論會」，會中針對修訂衛生單位線上通報系統之內容進行討論。來自全國各區衛生局代表共同參與，與會人員共計約90多人，討論熱烈。藥害救濟基金會將彙整各方意見，作為修正系統之參考。
為確保藥物安全與醫療效能，衛生署已建置藥物安全監測機制，即時監視國內、外藥物安全訊息，除設有藥物不良反應通報系統及藥物不良品通報中心之外，並對於藥物之安全性與療效亦隨時進行再評估，如醫療人員或病患疑似因使用（服用）藥品導致不良反應之發生，請立即通報衛生署所建置之全國藥物不良反應通報中心，藥物不良反應通報專線02-2396-0100，網站：http://adr.doh.gov.tw。如發現藥物不良品時，請立即通報衛生署所建置之全國藥物不良品通報中心，藥物不良品通報專線02-2396-0100，網站：http://recall.doh.gov.tw。