腸病毒中央流行疫情指揮中心自6月12日起開放傳染病統計資料查詢系統（http://nidss.cdc.gov.tw/），提供民眾、學術界與媒體能立即了解國內68種傳染病的最新疫情資訊。該網站每日清晨自動更新疫情資訊，提供各種疾病最新之流行趨勢圖、報表（Excel檔案）、地理分布（縣市或鄉鎮）、圖表與疾病小百科，使我國疫情資料更新更即時而透明。以美國為例，今日（7月1日）只能查到其更新到6月21日的疫情資訊。同時為確保資訊安全與防止個案隱私外洩，我國系統之資料庫並未儲存任何個案明細，僅只存有統計值之次級資料。
自開放當天起迄今已有約24,000人次瀏覽該網站（平均每天約1,200人次），更廣為國內電子、平面媒體及香港政府使用以報導台灣最新腸病毒疫情。為使民眾更易了解國內腸病毒疫情的走向與通報流程，腸病毒感染併發重症之趨勢圖本中心已自6月30日起除原有只呈現確定病例數之趨勢外，增加排除病例與檢驗中病例之趨勢。