行政院衛生署表示，我國目前雖非WHO會員國或WHA觀察員，但我國在全球衛生安全體系所作的努力和積極的貢獻，從來未曾稍懈，此次中國奶粉惡意添加三聚氰胺事件，台灣受害至深。
中國廠商為原始加害者，而我國在發現有以中國之乳品為原料在台灣製造的加工飲料，受到污染並已銷往香港及其他之地區情事，即於民國97年9月16日在第一時間內，透過國際衛生條例（IHR）我國聯繫窗口－疾病管制局，以電子信函向國際食品安全網絡(INFOSAN，為WHO之官方網絡之一)通報。詎料，國際食品安全網絡在回函中竟然稱我方為Taiwan, China，同時更以中國為正本收受者，我國聯繫窗口－疾病管制局反而被列為副本收受者。
基於我國主權尊嚴，衛生署已經在第一時間函請駐日內瓦辦事處向該網絡提出抗議。說明衛生安全應無國界，台灣善盡國際公民各種義務，不應被以政治因素，受到不公平的待遇。衛生署並強調「享受可達成之最高健康，為每個人之基本權利，不因種族、宗教、政治信仰、經濟或社會背景之不同而有差別。」乃係世界衛生組織憲章第三條所明訂，衛生署將繼續針對此事與外交部密切合作，以爭取國人的健康人權與國家的應有尊嚴。如果世界衛生組織繼續漠視台灣的健康及主權，衛生署不排除將結合外交部採取更激烈的抗議措施。