為使正當使用合法藥物而受害之民眾，獲得及時救濟，衛生署特別參考日本、德國等先進國家之作法，於87年10月12日訂頒「藥害救濟要點」，接著於89年5月31日公布「藥害救濟法」，使我國繼德國與日本之後，成為全球第3個強制實施藥害救濟制度的國家。十年來完成的藥害審議案件超過800件，其中獲得藥害給付有380件，也就是說，所有的申請案，將近一半以上，獲得救濟，充分發揮制度所預期的功能。
目前藥害救濟給付類別包括死亡、障礙及嚴重疾病，經審議後可合理認定係因使用藥品導致藥物不良反應，其給付最高金額為：死亡為200萬元；障礙者依程度給付，極重度為200萬元、重度為150萬元、中度為130萬元、輕度為115萬元；另嚴重疾病之最高給付金額以60萬元為限。為使更多因正當使用合法藥品而受害者受到藥害救濟之給付，衛生署於95年4月10日修訂「藥害救濟給付裁量表」，增加經審議後「無法排除死亡原因與使用藥品無關聯者」或「無法合理認定有其他原因致身體障礙或嚴重疾病者」，視個案具體情況與使用藥品產生不良反應之關聯程度，酌予救濟。衛生署進而於95年9月20日修訂「藥害救濟給付標準」第5條內容，使因病情需要住入加護病房或燒燙傷病房者，得酌予增加給付。
未來衛生署希望藉由積極推動「藥害防制計畫」，將藥害從現行側重於「事後救濟」提升至「事前防制」，深信透過大家共同努力，一方面落實藥害救濟，另方面加強預防藥害，兩軌併行，雙管齊下，一定能為全國民眾創造更安全的用藥環境。