行政機關公務人員年終獎金，規定每年1月31日以前已在職至同年12月1日仍在職者，以往每年均依行政院核定之各年度軍公教人員年終工獎金（慰問金）發給注意事項發給1.5個月俸給之「年終工作獎金」；及依公務人員年終考績結果發給「考績獎金」（考列甲等者發給1個月、乙等者發給半個月俸給之獎金、丙等者不發給獎金）。
惟本署葉署長及兩位政務之副署長，均屬政務人員，政務人員不能辦理年終考績，自不得發給其年終考績獎金，爰他們三個人年終僅得支領1.5個月之年終工作獎金。
另依中央健康保險局組織條例第27條規定，該局及分局之人事管理及職務列等，必須比照公營金融保險事業機構辦理，復按照行政院衛生署所屬中央健康保險局經營績效獎金實施要點規定，經營績效獎金包括考核獎金及績效獎金，其總額必須以不超過4個月薪給總額為限。