有鑑於我國每年夏季均出現腸病毒疫情，尤其是腸病毒71型常造成幼兒併發重症，甚至死亡，衛生署疾病管制局自2001年開始，即著手研發腸病毒疫苗，目前研發成果已領先世界各國，並率先建立腸病毒死毒疫苗的量產技術，預計3年後可進入人體臨床試驗。我國腸病毒疫苗一旦開發成功，將能大幅降低因感染腸病毒而造成的嬰幼兒重症，減少死亡個案發生，達到保護兒童健康的目標。
「死毒疫苗」主要是利用綠猴腎臟細胞（Vero cell）生產，疾病管制局已建立20公升的量產技術，並於去(2008)年將產製技術技轉給國家衛生研究院進行臨床用疫苗生產，預計三年後進入臨床試驗。另一方面，疾管局亦於2008年9月委託清華大學、財團法人生物技術開發中心與台大醫學院聯合團隊，進行「腸病毒71型類病毒顆粒(virus-like particle, VLP)疫苗開發」整合型計畫。類病毒顆粒是由病毒的外殼蛋白質組成的粒子，結構非常類似於真實的病毒，由於類病毒不具有病毒的遺傳物質，不會有感染的風險，但又保有病毒的立體結構，可獲致較傳統死毒疫苗為佳之免疫反應，因此類病毒疫苗確實有其發展優勢。目前上市之子宮頸癌疫苗亦利用類似技術生產。
疫苗從研發到上市大約需要12至15年的時間，加上腸病毒分型眾多，要選擇高效價且交叉保護廣之疫苗株，的確需要較長的時間研發。目前衛生署已設置腸病毒疫苗推動指導委員會，並提出腸病毒疫苗研發策略，其著重於建立國內自行研發腸病毒偵測、疫苗及治療性藥物之技術與架構。第一階段由國內自行研發，第二階段再以保證收購方式量產。希望藉此案整合國內外疫苗研發有限資源與人才，若能開發成功並進入人體臨床試驗階段，將可激勵國內生技產業的發展並提昇我國於國際疫苗發展的地位與名聲。