為了提升偏遠地區醫療服務，中央健康保險局98年度再投入兩億元經費，除了強化偏遠地區之專科醫療外，也將在醫療資源缺乏地區請鄰近地區之特約院所前往設立巡迴醫療站，將醫療服務主動送入社區。
首先對於某些偏遠地區，當地雖有醫院，卻因規模較小，無法聘請緊急醫療所必須之專科醫師，例如急診醫師、心臟外科、胸腔外科醫師，將由當地醫事服務機構提出改善計畫，藉由額外經費的投入，使醫療團隊的專科進駐解決偏遠地區目前缺乏專科醫師的問題，使偏遠地區民眾在有緊急醫療需求時，能及時獲得救治。
此外，中央健康保險局每年已對全國53個醫療資源缺乏地區投入4億元提供巡迴醫療服務，服務人次達53萬人次，惟全國仍有部分地廣人稀或位處山地等交通不便地區，當地長期居民多為老人及學童小孩，行動力較為不足，巡迴醫師亦不易到達；中央健康保險局將著力洽請醫界全力支援，提供更多的進駐或巡迴服務。採用之巡迴醫療模式將強調與社區或學校結合，在當地設立醫療站，專車載送就醫民眾至醫療站後，健保局則派遣醫師前往服務；目前已在雲林古坑鄉華南國小衛生室建立此種巡迴醫療服務模式，民眾就醫的便利性已獲得改善。