全球有超過一半的人口仰賴傳統醫學做為第一線醫療，而歐美近年來對於「傳統醫學」的態度逐漸開放。有鑑於此，WHO、美國FDA及歐盟陸續公布對傳統醫學及中草藥相關法案及措施。據統計，目前全球有130個國家應用中醫藥，124個國家建立中醫藥機構，而「哈佛商業評論」預測中草藥將是未來二十年最重要的四大產業之一。此外，我國政府亦相當重視此部分，行政院及經濟部提出多項推動方案，並於1995年成立衛生署中醫藥委員會專責規劃推動中醫藥科技研究，帶動中醫藥科技研究環境與研發成果蓬勃發展。
配合國家整體科技政策之規劃，加上該會亦極力以實際成果及績效作為爭取研究經費列入政府科技預算之依據，本署中醫藥委員會科技經費每年約以5-10％穩定成長，至2008年其總經費提升為1996年經費之5倍。目前刻正執行「提昇中醫藥現代化與國際化發展方案（2001年起）」、「基因體醫學國家型科技計畫—中醫藥基因體相關研究計畫）（2003年起）」及「奈米國家型科技計畫—中醫藥奈米計畫（2009年起）」等三項科技計畫，積極推動中醫藥科技研究，針對中醫政策、中醫醫療品質、提昇中藥品質水準、用藥安全、管理法規規劃、傳統藥材生技研發、具有特殊療效疾病之臨床療效評估及及服務網絡等議題，進行有系統之研究。
該會為提升研發成果之價值，各項中醫藥研究發展計畫成果之應用，除出版於中醫藥年報、舉辦成果發表會及刊登於中醫藥資訊網供各界參考外，並將學術研究成果，轉為實務政策執行，如：公告「臺灣傳統藥典（原為中華中藥典）」、中藥廠全面實施GMP、中藥材包裝標示、中藥重金屬限量標準、成立「中藥臨床試驗中心」、建立中醫醫院評鑑制度及公告「中藥新藥臨床試驗基準」…等，皆先透過科技研究，再進行政策擬定與執行。
此外，該會更進一步將2008-2009年施政主軸訂為「中醫藥研發成果擴散應用年」。促進學術界研究成果結合產業界產值突破，整合國內學術能量轉為台灣中醫藥「創新開發」的競爭力，辦理研究成果下放及授權推廣，鼓勵計畫主持人申請專利，現已有部分研究成果獲得專利，並獲得技術授權權利金，2008年度已獲得「從含有有機污染物的中草藥移除該有機污染物的方法」、「舌診系統及其方法」、「一種光學疊紋脈診量測及無線傳輸系統」等3項專利。此外，為促使中醫藥研究成果加值，已將研究成果出版專書，提供中醫藥界及學術機構等參考使用，深獲好評，並獲多項獎項。
該會除了厚植國內產學研各界之中醫藥研發能量，以及維護民眾中醫藥就醫安全外，更積極推動中醫藥經驗橋接及交流，尤其在世界衛生組織發表『WHO Traditional Medicine Strategy 2002-2005 (2002-2005年傳統醫學全球策略)』後，積極呼應WHO希望各國政府將傳統醫學納入國家醫藥政策之世界潮流，向國際推銷台灣傳統醫藥之發展經驗及成果，將能使台灣成為各國傳統醫藥發展與現代化之標竿及學習對象。
近年來該會辦理多場國際學術研討會，如：第12屆、第14屆國際東洋醫學學術大會、『國際傳統醫學交流研討會(Congress of Oriental Medicine in Taiwan)』等，邀請來自德國、瑞典、丹麥、芬蘭、法國、加拿大、日本、韓國等數十國家之專家及國內學者，參加人數總計超過3000人次，分享各國傳統醫藥管理之現況及經驗之交流。並訂定『菁英100計畫』(即國際傳統醫藥人才培訓計畫)，以回饋國際社會，分別於2006年及2008年辦理透過我駐外單位邀請46位來自35個國家，如:沙烏地阿拉伯、匈牙利、哥斯大黎加、馬拉威、馬來西亞、新加坡等分布於非洲、歐洲、中南美、中東、東南亞地區友邦國家之中高級衛生主管，來台參加『國際傳統/替代醫藥專業訓練(CAM/TM Professional training camp)』介紹我國中醫藥制度與分享各國彼此間的中醫藥管理現況，以增進我國之國際能見度及影響力。該會亦關注歐盟國家對針灸醫學之發展，以三年期計畫之方式，推動『加強與歐盟針灸學術交流』。上述將我國近年成果推廣於國際之努力，成果豐碩，備受各國之推崇與好評。
中醫藥委員會希望藉由有系統的進行中醫藥科技計畫研究，鼓勵國內中藥新藥之研究發展，期能提昇中醫藥品質，厚植台灣實力，提供科學化研究數據，以符合時代需求，促進國民健康，並達到中醫藥全球化之目標。