針對外界質疑我國納入國際衛生條例（IHR）運作體系後可能進一步喪失我國主權，衛生署今日再次對外澄清說明。
衛生署疾病管制局表示，國際衛生條例係於2005年第58次世界衛生大會通過，2006年WHO鼓勵各國提前適用，並於2007年6月15日正式實施。該局分別於2006及2007年兩度去函WHO，要求被納入均未獲回應，直至2009年1月13日接獲WHO來函回應，同意接納我加入國際衛生條例運作，提供五項具體參與之措施。其中最具突破性意義者，即我國取得與WHO的直接溝通管道，而非透過中國間接傳遞（有關細節可參考該局2009年1月22日新聞稿）。根據IHR各國均需指定單一聯繫窗口，疾管局於2006年經政府指定為此一窗口。
關於我八港口在IHR運作下被列名於中國乙節，疾管局表示，在我國決定提前實施之政策下，於2007年5月30日主動提報WHO我國執行狀況，同年12月14日WHO公布各國通報之港口清單，但將我通報之港口列名於中國之下，該局即於第一時間(12月17日)去函抗議在案，此節與外界理解顯然有所落差。
衛生署表示，WHO屬於聯合國組織，自1972年至今，所有WHO正式文件均以「Taiwan, China」稱我，未來是否能改變這項現況或突破，恐仍需各方進一步協商。