行政院衛生署訂於98年3月11日揭牌成立「心理健康辦公室」，以任務編組方式，由行政院衛生署醫事處、護理及長期照護處、國民健康局、中央健康保險局、疾病管制局、管制藥品管理局及署立醫院等單位調派相關人力，參照美國「藥物濫用與心理健康服務署」（SAMHSA）架構，成立專責辦公室，整合現行心理衛生、精神醫療及物質濫用服務平台，以有效統籌規劃相關政策與執行，促進全民心理健康，預防及治療精神疾病與物質濫用。
最近全球金融海嘯，其所衍生之經濟衰退及社會安全問題，勢必造成自殺死亡率再次攀升，故結合相關資源建構綿密的服務網絡，提供即時、有效的服務，以協助民眾渡過這一波經濟危機所帶來的衝擊乃當務之急。另國內毒品濫用狀況日益嚴重，近十年來吸毒人口及毒品種類愈來愈多，已造成家庭及社會之嚴重影響及傷害；其中濫用海洛因衍生之愛滋病及其他傳染病問題，已成為臺灣地區公共衛生重要議題，但目前美沙冬替代療法之服務量能仍不足，其它二、三級毒品之防治工作則尚未積極規劃，且事權分散各局處，長期以來造成協調連繫與統合不易，業務難以有效推動。又與民間心理衛生資源連結亦有待加強，故急需擴充行政人力並成立專責單位，以提升效能。
本辦公室願景為「從心做起，樂活久久─許全民一個心理健康的人生」；核心價值為「尊重、關懷、當責、安心」；任務為「促進國民心理健康，整合精神醫療照護，推展物質濫用防治」，短、中期先行結合各相關局、處之人力及預算資源，有效統籌規劃相關政策與執行；長期目標則規劃成立「心理健康暨物質濫用防治局」。