為提升國內流感疫苗研發與製造能力，提供國人更完善的保障，疾病管制局自2006年起，結合國內流感領域學者專家（包括中研院，陽明，台大，交大，興大，長庚，成大，國衛院，台北榮總，中山醫學院，醫藥品查驗中心，生技中心，農委會家畜衛生試驗所等）共同執行「流感疫苗研發計畫」，以填補我國流感疫苗自製BOO案成功產製疫苗前之緊急需求，並建立後續產業生根所需的疫苗株選擇、疫苗政策及法規、臨床試驗等基礎架構。該計畫歷經三年，獲得多項重大突破，並訂於今(4/3)日舉行成果發表會，與全國民眾分享研發成果。
其中，在「流感季資訊之掌握與預測」方面，包括整合全國流感病毒的監測、通報及實驗室分析資料，提供完備的疫情資訊；監測新型流感病毒及病毒抗原變異性趨勢，同時進行血清學監測分析，提供流感疫苗株選擇的參考；以雪貂製備台灣本土流感病毒株抗體，以利病毒診斷及分型等，三年來經由實際演練驗證，已建立「當季流感資訊之掌握與預測」模式平台，訂定標準作業流程(SOP)並規劃預測與運作之期程。
在「流感疫苗接種效益及社區抗體盛行率」方面，除建構我國流感病毒疫苗接種之臨床試驗研究團隊外，並分析民眾在打疫苗前、後對疫苗病毒株的抗體免疫反應，結果顯示接種疫苗可顯著增加抗體效價，提升免疫效果。另同時監測民眾對本土流行株的抗體效價，藉此建立一民眾血清庫，並評估疫苗的保護力。
在「緊急疫苗製造」方面，國家衛生研究院已建立流感疫苗緊急生產線，預計於2009年第2季通過H5N1流感疫苗新藥臨床試驗（Investigational New Drug, IND）之申請，第3季開始執行第一期人體臨床試驗。另外由中研院翁啟惠院長所領導的基因體研究中心研發團隊，新開發「抗人類流感及禽流感的雙效DNA疫苗」，所建立之程序平台可在半年內產製所需之DNA疫苗，供緊急疫情爆發時使用，其研發成果已發表於美國著名的權威科學刊物《美國科學院期刊》(PNAS)。
流感疫苗研發計畫為國內首度進行之大型整合型疫苗研發計畫，執行三年來所建立之基礎架構、技術及研發團隊，可有效強化我國防疫能量、建立緊急應變機制，並已於2007年底與2008年底流行季進行演練確認整體成效，使我國達成流感疫苗自給自足、國有國用的目標又向前邁進一大步。