健保藥價調整係為使健保支付價格更貼近藥品市場實際交易價格，以縮小藥價差。本次例行性健保藥價調整之計算公式與前幾次之調整方式相同，係依藥品供應商銷售給所有健保特約醫事機構之市場加權平均價格為計算基礎，並依公告之調整公式計算個別品項的新價格，因此藥價調整並非僅健保局之主觀意見，而是依藥商在市場販售的實際價格做調整。
對於屬臨床治療不可或缺或無替代藥品的必要藥品及罕見疾病用藥，例如治療糖尿病的胰島素、預防血栓的warfarin、黏多醣症治療藥等，在此次藥價調整作業時，則不予調整，以確保該類藥品之供貨穩定，維護病人之用藥權益以及臨床治療選擇。
另對於一些已納入健保給付，而先前因健保財務之不足，致無法全面開放的藥物，由於此次藥價調整將可緩和藥費支出的成長，健保局針對各界反映應放寬給付之藥品，於收集相關實證醫學資料，提醫、藥專家會議評估後，予以適度放寬，使醫師在處方時有更多的選擇，進一步嘉惠病患，並減少民眾自費醫療的負擔。初步研擬放寬之藥品類別包括：癌症治療之標靶藥物及化療輔助藥物、B、C肝炎及H1N1之抗病毒藥物以及降血脂藥物。
另為提昇製藥品質，讓國內藥廠與國外標準一致，以利本土藥品打開外銷管道，健保局對於製造時使用經嚴格管控、規格一致的原料藥、製藥過程符合國際公認的藥品優良製造規範（PIC/S GMP）、或通過歐美核准上市並具有便民包裝之藥品，預留給予提高價格的機會，最高可以與同成分同劑型同規格量最高價之價格相同。
新藥研發之目的，在為病患創造更有效及方便之用藥選擇。因此在全民健保資源有限之條件下，鼓勵生技製藥業發展，應藉由其他產業發展促進方案進行，而非由單由健保藥價予以反映，由健保資源作為普遍性的補貼。目前經濟部對於積極在國內投入新藥研發之廠商，已另外投入數百億元鼓勵生技發展。