食品、藥物及化粧品之安全與品質，攸關民眾日常生活及醫療福祉甚鉅，是國家全民健康與公共衛生之重要指標。衛生署為積極以保護消費者健康為核心，落實「民眾安全第一，消費者保護優先」、「食品藥物安全管理一元化」、「擴大民間參與，提升檢驗效能」、「加速生醫科技新藥上市」、「流程簡化、資訊透明、快速回應」，將該署食品衛生處、藥政處、藥物食品檢驗局及管制藥品管理局等四個單位加以整併，預定於明(99)年1月1日成立「食品藥物管理局」。今為落實規劃工作，特成立「食品藥物管理局籌備處」，將組織及業務需求整併結合，確保半年內順利正式成立運作。
「食品藥物管理局組織法」於98年6月3日由 總統於公布後，衛生署即已著手辦理單位、業務整併工作，目前該局之處務規程及員額編制表已報請行政院審核，計設置風險管理、企劃及科技管理、食品、藥品及新興生技藥品、醫療器材及化粧品、管制藥品及研究檢驗等7個業務組，及北、中、南3個區域管理中心，辦理輸入食品查驗及流通稽查，總編制員額共505人，並已完成該局99年概算之先期作業，計編列預算24.5億元。
未來「食品藥物管理局」業務執行重點，在食品衛生方面，除既有的食品衛生安全應予強化外，新成立三個區管中心，將逐次收回原委託經濟部標準檢驗局之輸入食品邊境查驗業務，實現食品衛生管理一元化。同時並將成立風險管理組，希望能建立完善的風險管理機制，對食品安全事件，做到快速因應及處理。另為擴大參與，廣邀民間實驗室協助食品衛生檢驗，期能達到提升食品安全之稽查效率外，更能因民間資源的挹注，建立政府與產業之溝通管道，觸發自主管理、源頭管理之加乘效果。該部分初期先邀請通過認證之實驗室約20家參與，陸續依認證家數，逐次擴大辦理。在藥物管理方面，以透明、簡化原則，縮短新藥審查時程，並持續著手於藥物品質、藥品流通管理及藥物濫用防制等業務。同時配合行政院於3月26日宣布啟動之「生技起飛行動方案」，規劃整體生技產業政策，強化生醫藥產業發展。在風險管理方面，將以科學證據為基礎之風險分析原則，強化食品藥物安全預警系統，建立重大安全事件反應機制，以快速有效達到危機的處理，維護消費者對於食品藥物管理體系之信任。

署長葉金川表示，成立食品藥物管理局之後，民眾的食品與藥物安全將更有保障。因為組織整合後，從管理政策之整體規劃到相關措施之實行過程縮短、效率提升，食品藥物安全相關資訊的公開，更透明迅速，讓所有消費者在食品及用藥的安全品質上，得到一定保障，實現健康人生。