為因應今年秋冬H1N1新流感第二波疫情及流感重症病患之處置，H1N1新型流感中央流行疫情指揮中心指揮官葉金川署長親赴全國六區傳染病防治醫療網指揮中心督軍備戰，指示由各區指揮官整合傳染病防治醫療網、緊急醫療網及各醫療院所，提供病患妥適醫療照護。葉指揮官已於日前赴北區（7/21）及台北區（7/23）視察防疫準備工作，今日（7/24）則南下高屏區及南區視察，並將於近期內完成中區及東區的視察作業。務使防疫備戰工作，在秋冬流感流行季前，完成整軍備戰。
由於秋冬原是流感盛行季節，又加上今年四月份出現H1N1新型流感疫情，造成全球大流行，以國外流感季節患者人數推估，今年秋冬將有大量流感病患發生，如果未能事前做好病患分流工作，僅依賴醫院急診系統，將無法因應整體醫療運作，且感染者中勢必有部分病患可能併發重症，需要轉院或加護病房等急重症照護，因此指揮官特別指示，因應秋冬流感戰略重點將在於「病患適時分流」及「對重症病患照護」。
此外，為了因應第二波疫情，健保局已規劃將流感抗病毒藥劑納入健保，並提升藥物普及性，使得輕症病患可以在地區醫療院所即可獲得妥善藥物治療，不需湧向大醫院及急診。而緊急醫療網除結合消防局119緊急救護及病患運送之量能，並運用分級檢傷及電腦資訊，充分掌握加護病床之分布及使用情況，以使重症病患能在第一時間獲得有效的轉診及照護，發揮分流轉診之效能。
SARS之後，衛生署為建立傳染病病人隔離收治量能，建立傳染病防治醫療網，並於每縣市指定一家應變醫院，以隔離收治高傳染性/重大傳染病病患為主，雖然目前H1N1新型流感不需收治於隔離病房，惟秋冬若出現抗藥性病毒株，屆時將藉由應變醫院之隔離病房，進行病患之隔離收治，以達圍堵之效。「勿恃敵之不來，恃吾有以待之」全國醫療衛生體系，將積極備戰達成國人對於流感防疫工作的託付與期待。
葉指揮官親赴各網區與區指揮官共同主持召開指揮中心會議，參與人員包括該區醫學中心院長、應變醫院院長、緊急醫療網責任醫院院長及執行長、健保局分區經理、醫事處、消防局局長、衛生局局長、醫療網區委員等，藉由中心會議整合各區轄內所有醫療院所、病床、人力等各項醫療/防疫資源，俾利疫情防治指揮調度。