指揮中心表示，考量莫拉克颱風已對各地造成嚴重災情，為防止H1N1新型流感於受災地區造成疫情，同意於13個受災地區之156家流感抗病毒藥劑配置醫療院所，受災居民如出現類流感症狀，經醫師診治後，無需經快速篩檢確認即可給予流感抗病毒藥劑，以即時提供治療。
為使H1N1新流感病患早期接受治療，避免重症及死亡病例發生，指揮中心自8月1日起，開放全國300家流感抗病毒藥劑配置點，得經快速篩檢確認即可給予抗病毒藥劑。惟依據疾病管制局傳染病監視資料顯示，急診類流感就診率有上升之趨勢，且有鑑於莫拉克颱風影響甚鉅，指揮中心針對台中縣/市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣/市、台南縣/市、高雄縣/市、屏東縣及台東縣等受災地區，放寬流感抗病毒藥劑用藥條件，讓受災居民可及早接受治療，避免疫情擴大。
自即日起實施至8月14日止，而8月15日起，流感抗病毒藥劑將納入健保給付。
截至8月11日中午12時止，H1N1流感重症計19例確定病例，其中10例已出院，4例在一般病房，另有4例仍在加護病房治療，1名死亡病例，昨日無新增重症確定病例。另外，輕症部分，急診及門診類流感就診率持續增加，估算一周病例數逾六千人。群聚部分，昨日無新增。