莫拉克颱風造成台灣南部各地嚴重水災，在炎炎夏季，氣候酷熱，淹水後，若未能注意環境的消毒與清潔、個人的衛生，會因為汙物的污染、黴菌、細菌等致病原的滋生而造成危害。有鑑於此，衛生署責成各縣市衛生局即刻加強餐飲衛生稽查，尤其注意飲水衛生與食材保存使用，以確保災民不受二次傷害。
一、餐飲衛生
1. 無良好水源及廁所無法經常性保持清潔之餐飲業者應暫停營業，以避免交叉汙染造成食品中毒發生。
2. 製作食物之前應將手部洗乾淨，勤洗手，以杜絕傳染。
3. 若新鮮的食品遭到水淹，為確保安全，應丟棄，不要食用。倘需食用，請以清潔之自來水洗淨之後再用沸水充分煮熟過才使用。
4. 業者不供應生食，食物應充分煮熟。
5. 魚貝類食材若未經適當條件保存，易造成腐敗而引起組織胺中毒，不可以供人食用。
6. 停電地區，為確保飲食安全，冰箱內不應再食用。
7. 特別注意注意刀、砧板、容器、鍋、盤的清潔與衛生，以防汙染，必要時用沸水沖洗後使用。
8. 稀釋過後之漂白水澄清似水，包裝之瓶上應黏貼或以不褪色筆書寫警語標示，以避免誤食。
9. 發生食物中毒事件，除立即送醫外，應立即通知衛生單位前往調查處理。

二、用水衛生
1. 飲用水一定要煮沸後才能飲用，不可生飲自來水、井水或天然水源的水（如溪水）。
2. 限水期間應使用自來水或市售GMP標誌包裝飲用水，並應在有效日期內。
3. 地下水源水質如未經檢驗合格請勿飲用。
4. 如為特殊情況，須使用地下水源為飲水者，其水應有簡易過濾系統（如逆滲透、超薄膜過濾等），濾心並應經常更換。且水務必先經過消毒、煮沸才能使用（詳如消毒殺菌方法）。
5. 停水期間應關閉抽水馬達，以免造成管路負壓，導致輸水系統受到污染之情形。