因應本次莫拉克颱風所造成的災害，衛生署呼籲，目前救災藥品、醫療器材供應已充足，請民眾安心；另為避免救災藥物供應混亂，有意願捐贈之企業或民眾，請先將救災藥物就地存放，並請撥打捐贈專線0800-625-748，由衛生署統一調度。
本次為因應莫拉克颱風所造成災害，各縣市平日已儲備戰備重要外傷用藥品與醫療器材，如果災區當地儲備量用罄時，衛生署可馬上調度其他縣市之儲備藥品、醫療器材。另外衛生署也已設立受理藥品與醫療器材物資捐贈專線0800-625-748，彙整有意捐贈者提供之藥品、醫療器材之項目與數量，截至8月17日上午為止，已有鎮靜劑、抗生素、止痛劑、外用消炎乳膏、眼藥水、感冒常用藥品、胃腸用藥、荷爾蒙製劑、維生素、注射用點滴、急救箱、外用清潔用品、外傷(燙傷、刀傷)藥膏等，共計約65718項藥品。除急救箱已送至高雄災區使用，其他藥品目前就地存放，待衛生署統一調度。
另外，衛生署特別設置外援救災藥品、醫療器材優先通關機制，分別接獲來自新加坡、澳洲、美國救災藥品與醫療器材等物資，包含新加坡政府捐贈的抗生素、止痛劑、點滴等藥品、消毒紗布、包紮用繃帶、民生用品等共33項，部份藥物已交由高雄縣衛生局與高雄縣旗山醫院，投入災區使用；澳洲政府捐贈20萬顆氯錠、消毒水專用桶以及手動消毒機等，也分別送至台東、高雄等災區使用；美國政府則捐贈10萬5千多顆氯錠、42萬顆碘錠。