本署楊署長已於本署10月1日署務會議，指示相關單位即刻啟動應變機制，做好防颱各項整備。
本署依據行政院朱副院長立倫本(98)年10月1日下午5時召開颱風防颱整備會議指示，已於本(10月2日)日函請各直轄市、縣市衛生局，做好防颱相關準備，並協助轄區高災害危險潛勢地區之慢性病病患、有需定期洗腎者及接近預產期孕婦等，預做撤離準備，一旦有災害發生之虞時，可迅速即時避難或獲得醫療照護。
此外，為發揮各單位防救災統合應變力量，本署各單位及附屬機關已依據行政院朱副院長指示，加強本署各項防救災工作與各級行政機關、警察機關、消防機關、國軍及民間志工等五大防救災應變系統之聯繫及協調。
有關88水災災區，本署特別責成災區衛生局，就必要救援之醫護人員與醫品藥材，備援待命，若有緊急救護需要，應即提供必要援助。
為強化對災情之監控，本署已責成六個區域緊急醫療應變中心(REOC)，即日起加強與轄區衛生醫療單位聯繫，主動掌握緊急醫療救護需求，妥善規劃各項應變支援措施。
此外，本署呼籲全國醫療院所，應注意最新氣象資訊，颱風來襲前除應即檢查緊急發電機是否正常堪用，儲備緊急發電所需之油料，以確保提供之醫療服務不受中斷外，並應預做可能淹水 之緊急應變準備，以減少災害可能帶來之損失，並保障病人之就醫權益。