芭瑪颱風帶來豪雨，導致部分地區淹水，疾管局正嚴密監視災區傳染病發生情形，並協助地方衛生單位進行各項災後防疫工作。該局呼籲，民眾務必注意飲食及環境衛生，清理家園應作好個人防護，以避免災後傳染病發生：
一、注意飲水、食物及環境衛生，預防腸道傳染病
豪雨可能導致飲用水濁度上升，影響用水安全，若住宅的蓄水池淹水，應確實清洗消毒後再蓄水；飲用水要徹底煮沸或飲用包裝水；泡水廚房用具及餐具要消毒後才能使用，也不要食用泡過水或解凍過久的食物；並依「清除、清潔、消毒」三步驟，做好環境衛生。(有關消毒藥品之使用，請依照消毒藥品瓶身標示說明，或至疾病管制局網站查詢使用方法)
二、清除孳生源，預防登革熱
災後整理家園時，請同時注意清除室內外所有積水容器、垃圾及廢棄物，以防止病媒蚊孳生。
三、做好手部、腳部防護，避免鉤端螺旋體及類鼻疽感染
清理家園環境時，請穿著雨鞋或防水長靴、配戴防水手套及口罩等個人防護措施，工作完畢或裝備卸除後，仍應以清水及肥皂洗手。老年人、身體衰弱、免疫功能不佳、慢性病患者（糖尿病、心臟病、高血壓、癌症及酒癮者等）及皮膚外傷者，應避免直接暴露於污水或淤泥。如有出現發燒、頭痛、肌肉痛、腹痛、腹瀉、黃疸、倦怠或其他身體不適的症狀，請儘快就醫。就醫時務必告訴醫師居住地區及污水淤泥曝露史，以利診斷。
民眾若有災後防疫相關疑問，可聯絡各縣市衛生局或撥打免費民眾疫情通報與諮詢專線1922洽詢。