指揮中心表示，依據第二十七次指揮中心會議決議，中央與地方指揮中心人員與醫護人員同屬H1N1疫苗接種對象第一順位，因此，地方指揮官優先施種疫苗，係依中央政策，並無不宜。對於部分媒體報導地方首長接種疫苗屬特權，實有誤解。
　 另外，第二十八次指揮中心會議決議，中央流行疫情指揮中心參與運作人員應接種國產疫苗，因此朱立倫總指揮官與楊志良指揮官等所有中央指揮中心人員，將於11月16日國光疫苗上市首日接種疫苗。