為確保民眾食用健康食品之安全性，衛生署已建置「健康食品或膠囊錠狀食品非預期反應通報系統」，已於全國各醫院、健康食品廠商及地方衛生單位共建置至少134個通報窗口，且於北、中、南部共召開至少5場通報系統說明會，同時亦透過藥師公會、家醫學會研討會、廣播節目、台灣生技月展覽，及於醫院張貼衛教海報等進行宣導。目前為止共接獲2件健康食品及9件非健康食品通報案件，但未有明確直接性臨床診斷案例發生，仍請醫事人員接獲民眾告知或民眾推測疑似因食用健康食品或膠囊錠狀食品時，如有非預期反應，須立即通報，以確保食用安全，並減少潛在可能發生之危害及避免影響範圍擴大，通報網址為http://hf.doh.gov.tw，通報專線：(02) 2358-7343。
衛生署為更加保障民眾食用健康食品之安全性，於96-98年委託台大醫院進行2年一般調查，針對蒐集到1386名急診部內科患者之訪談結果發現，43.5%（603名）患者皆有自行食用一般保健類食品。而由國內外文獻蒐尋推知，銀杏、大蒜、魚油、維他命E、葡萄糖胺、當歸、芒果、葡萄柚、蔓越莓等與抗凝血劑併用(阿斯匹靈aspirin及warfarin等)可能產生交互作用而造成出血的風險，而併用維生素（K及高劑量C）、輔?Q10，則可能會減低抗凝血劑之作用。
衛生署推展健康食品認證審查制度已近十年，已核發之健康食品許可證計175件，其保健功效皆具有科學佐證，但僅限於保健之功效，並不具有治療疾病之醫療效能。民眾不論食用任何食物或是健康食品時，皆不應大量攝取，不能因為其具有保健功效或有助身體健康，而覺得吃愈多愈好，應依照其每日建議攝取量食用，其原因除怕影響藥效外，產品中某些功效成分含量較高，亦可能因過量食用會跟一些藥物發生交互作用而危害健康。且有病仍須就醫，不能以健康食品取代該服用的藥物或醫療。
衛生署仍持續請各學公協會、地方衛生局、醫師公會、藥師公會等單位，協助配合進行通報及加強宣導，以確保飲食健康。