衛生署為確保國人食用健康食品之安全，已建置「健康食品及膠囊錠狀食品非預期反應通報系統」，當民眾在疑似因食用健康食品或膠囊錠狀食品而有非預期的不良反應時，請上衛生署通報網址http://hf.doh.gov.tw，通報專線：(02) 2358-7343，以減少潛在可能發生之危害並避免影響範圍再擴大。

有鑒於健康食品已被消費大眾廣泛使用，但一般民眾卻仍缺乏食用健康食品所需持有之正確觀念。健康食品並非具有療效之藥物，民眾切勿將健康食品當作藥品看待；此外，健康食品乃高劑量之濃縮萃取食物，根據國外相關研究顯示，病患若未能與醫師討論即大量食用高濃度萃取之健康食品，很有可能引發藥物與食品的交互作用，造成身體不適現象，並對健康造成危害。

衛生署建置之「健康食品及膠囊錠狀食品非預期反應通報系統」於全國各醫院（91個）、健康食品廠商（41個）及地方衛生單位（25個）共建置157個通報窗口，且於北、中、南部共召開至少5場通報系統說明會，同時亦透過藥師公會、家醫學會研討會、廣播節目、台灣生技月展覽，及於醫院張貼衛教海報等進行宣導。目前為止共接獲2件健康食品及9件非健康食品通報案件，經專家審查結果並未有明確直接性臨床診斷案例發生，為確保民眾食用安全，衛生署仍請醫事人員接獲民眾告知或民眾推測疑似因食用健康食品或膠囊錠狀食品時，如有非預期反應，須立即通報。

衛生署為更加保障民眾食用健康食品之安全性，於96-98年委託台大醫院進行2年一般調查，針對蒐集到1,386名急診部內科患者之訪談結果發現，43.5%（603名）患者皆有自行食用一般保健類食品。目前為止，國內雖尚未通報有因食用所謂保健類食品而發生不良副作用臨床案例，但由國內外文獻蒐尋，部分食品成分，可能與藥物發生交互作用而引發不良反應之虞，例如：銀杏、大蒜、魚油、維他命E、葡萄糖胺、當歸、芒果、葡萄柚、蔓越莓等與抗凝血劑併用(阿斯匹靈aspirin及warfarin等)可能產生交互作用而造成出血的風險，而併用維生素（K及高劑量C）、輔?Q10，則可能會減低抗凝血劑之作用。

衛生署推展健康食品認證審查制度已近十年，已核發之健康食品許可證計175件，其保健功效皆具有科學佐證，但僅限於保健之功效，並不具有治療疾病之醫療效能。民眾不論食用任何食物或是健康食品時，皆不應大量攝取，不能因為其具有保健功效或有助身體健康，而覺得吃愈多愈好，應依照其每日建議攝取量食用，其原因除怕影響藥效外，產品中某些功效成分含量較高，亦可能因過量食用會跟一些藥物發生交互作用而危害健康。且有病仍須就醫，不能以健康食品取代該服用的藥物或醫療。

呼籲一般民眾應多注意健康食品外包裝所載明之警語與限制，病患也應與醫師討論後再行食用健康食品，若有不良反應請即刻向衛生署「健康食品及膠囊錠狀食品非預期反應通報系統」通報；衛生署也將持續請各學公協會、地方衛生局、醫師公會、藥師公會等單位，協助配合進行通報及加強宣導，以確保飲食健康。