指揮中心表示，11月16日起國小學童H1N1疫苗開打，約計有24個縣市192所國小開打，根據所回收的家長同意書估計，約有九成學童願意接種疫苗，相較於季節性流感疫苗八成接種意願，H1N1疫苗接種情況似乎更加踴躍，也比其他先進國家高出甚多。至於不同意接種的原因主要是過敏體質、目前生病中等。
　 為讓校園師生了解疫苗接種流程，指揮中心已製作「防疫尖兵 校園疫苗接種大作戰」8分鐘宣導短片，以拍攝影片的方式呈現學童疫苗接種六步驟：確認家長同意書、確認學生身分、醫師評估、接種疫苗、接種後就地觀察30分鐘、回家後留意身體變化。指揮中心表示，影片已配送至各縣市，同時置放於指揮中心網站，供外界查詢或下載運用，亦可於YouTube等公開網站觀看(以校園疫苗接種檢索即可)。
指揮中心表示，11月16日開打的族群除國小學童外，包括孕婦、學齡前幼兒、重大傷病，符合接種對象者，可於開打後攜帶身分證件及健保卡（無健保卡亦可）前往全國2000家合約醫療院所接種，無需支付掛號費等其他費用。指揮中心已將合約院所地址，以Google map方式呈現，方便民眾查詢院所所在位置。
另外，對於昨日某周刊報載雲林縣隱匿淵明國中H1N1疫情，指揮中心表示，疾管局已於第一時間派員前往該國中進行疫情調查，以了解疫情規模及嚴重程度。初步調查結果顯示：該校於11月1日至12日期間，全校發病人數約158人，流感快篩陽性者計71人，均為輕症。該校符合325停課標準的班級數共計4班。目前仍有症狀者計133人，疫情已在中央防疫單位的掌控中，該校將於11月23日國中生疫苗開打當天進行H1N1疫苗接種。有鑒於雲林縣衛生局人力原本單薄，加上衛生局長月初退休，又逢H1N1疫苗下週大幅開打之際，疾管局已派高階人員進駐雲林縣衛生局協助H1N1防治相關事宜。