為確保市售乳品之衛生安全，衛生署持續責成各地方衛生局，加強稽查與確實複查。自今（98）年十月十六日至十一月二十四日為止，總共稽查50家乳品工廠（刪除3家已無生產乳品之工廠），各縣市衛生局更新之複查資料，49家全數均已符合良好衛生規範，僅1家無工廠登記證（台南縣星惠生物科技國際有限公司），目前由台南縣衛生局勒令其停工中，並請台南縣政府經濟發展處工業科處理，若該廠欲復業，需向縣政府取得相關合法證明後，始得復業。
明年度起，衛生署除持續稽查輔導乳品工廠之外，亦將乳品工廠列為食品安全管制系統（HACCP）輔導重點之一，以維護民眾飲食衛生安全。