衛生署已完成28批(含1,000萬劑)「國光H1N1新型流感疫苗」之檢驗，結果顯示國光新型流感疫苗符合中華藥典與WHO等國際規範；另經由檢驗數據之比較結果，顯示國光H1N1新型流感疫苗之品質不亞於歷年來國人所施打季節性流感疫苗之品質。
針對國光公司新流感疫苗廠，衛生署於98年5月至9月間陸續派員依國際藥品製造優良規範 PIC/S GMP標準來評鑑該廠之GMP作業，於8月31日通過該廠種毒繼代室之GMP作業符合規範，並於9月23日通過國光新型流感疫苗之製造符合我國藥物製造工廠標準第三篇藥品優良製造規範及國際藥品製造優良規範PIC/S GMP標準。另，本局派員查核該廠時，也已確認該公司對生產所使用之雞胚胎蛋確實依國際PIC/S GMP之規定，對其原料供應商應進行評估，並建立合格供應商名單，採購時亦有適當程序或措施確保原料品質。
依據世界衛生組織規範，流感疫苗生產用之雞胚胎蛋需來自健康且適齡之雞群所生產；在98年8月25日衛生署與美國FDA所舉行之視訊會議中，美國FDA官員亦表示採用此一標準。衛生署於98年8月20日與8月28日派員訪查其疫苗生產用之二家雞胚胎蛋供應雞場(菁山企業股份公司與台灣胚胎基因生產科技有限公司)，發現該二家雞場皆為密閉式之雞舍，有自動化飼料供應設備，並適當監控雞舍之環境與雞群之健康，其收蛋與孵化皆經適當消毒程序，而所供應之疫苗生產用雞胚胎蛋皆來自健康且適齡之雞群所生產，符合世界衛生組織(WHO)規範與美國FDA之標準。