國人引頸企盼的食品藥物管理局終於成立了！衛生署於99年1日1日上午10時30分在該局舉行「成立揭牌、局長就職典禮」，由行政院吳院長敦義親臨主持揭牌典禮，顯示行政院對食品藥物管理局成立的重視與期許。
未來「食品藥物管理局」將以「守護飲食用藥安全、引領科技全新紀元、創造安心消費環境」為使命，藥求安全，食在安心，並以「捍衛全民健康、邁向食品藥物管理新紀元」為願景，建構健全完善的食品藥物安全管理體系，實踐衛生署許給國人健康人生的承諾。
該局成立後，將從管理政策之整體規劃到相關措施之實行過程縮短、效率提升，食品藥物安全相關資訊的公開，更透明迅速，讓所有消費者在食品及用藥的安全品質上，獲得一定的保障，確保自身的權益，努力達到成立「食品藥物管理局」的願景－「捍衛全民健康、邁向食品藥物管理新紀元」。