有關監察院糾正健保局執行特約醫療院所違規稽核工作不力乙案，健保局表示，該局將持續積極辦理違規查處、推動精緻查案，以提昇違規查處品質與效能
健保局積極辦理違規查處，從未懈怠：為減少健保醫療浪費與弊端及保障保險對象就醫權益，同時加強健保醫療資源的有效運用，健保局對於特約醫療院所費用申報，均有專責的工作團隊在為民眾把關；如經費用審查發現有不合理的費用申報即予費用核刪，一旦發現可能已經涉及虛、浮報者，即會啟動查核機制，針對異常的醫療院所進行查處；費用審查是全面性的檢核，而違規查處工作則是針對異常之個別醫療院所；監察院調查報告遽以5年來，健保局對於特約院所醫療費用核減1,337.5億元，違規查處追回金額28.69億元，即謂「該局每年查核違規醫事服務機構所追回之費用寥寥無幾，難以防杜健保醫療支出之無謂浪費，洵有疏失。」同一健保團隊，監控醫療資源是全面性、整體性，而且是有計畫性的，功過如此劃分，似乎有失公允。
健保局提昇違規查處品質，效能不降反昇：對於監察院調查報告中認健保局自94年到98年間，違規查處的件數有逐年下降的趨勢，此一情形係因為該局近年來為配合刑事訴訟法所推動的「嚴格證據主義」原則，因此該局推動「精緻查案」，以深度且嚴謹的態度，並把違規查處的重點擺在重大的違規案件上；從相關數據可以看出來：98年進行違規查核634家次的院所，但是處分停約以上的案件數達到234家，占查核家數的37%，比94的11%成長了2倍餘；而在違規扣減費用方面，也從94年平均每件扣減39萬元提昇到98年平均每件扣減158萬元，大幅成長了3倍之多，可見該局在最精簡的人事費用下，運用智慧累積經驗，加上檔案分析等科學方法，採取「精緻查案」，提昇查核效能，已略見成果。
健保局表示，該局今後自當持續積極查弊，加強醫療院所費用申報之監控，並強化違規查處之功能，以杜絕醫療資源之浪費，期為民眾看緊荷包，務使民眾所付的每一塊錢的健保費發揮到最大的效能。