本（99）年登革熱首例本土病例已在3月底於高雄市現蹤，為能提早做好因應流行疫情之準備，行政院衛生署與環境保護署，於本（13）日下午假行政院南部聯合服務中心召開「99年第1次登革熱流行疫情處理協調會報」，邀集相關部會與南部5縣市政府，共同研商登革熱防治措施，並協助地方政府做好登革熱防治工作。
本次會報，各與會單位對於相關議題皆熱烈討論，並充分交換意見，達成多項共識。今（99）年登革熱防治政策仍以落實孳生源清除為主，中央單位與地方政府將加強平時之溝通協調，對於由中央權管之老舊房舍土地，權管單位平時即應加強管理，並就問題之處理，與地方環保局加強聯繫，俾能妥善依法處理，避免形成病媒蚊孳生源。在校園登革熱防治部分，除在地方政府成立跨局處的校園登革熱防治小組之外，大專院校的登革熱防治工作，也將請教育部多予協助。此外，環保署已建置孳生源或髒亂點之通報與處理網路平台，各單位亦可運用該平台，作為聯繫溝通之管道。
有關中央對地方政府之支援，衛生署及環境保護署均已提撥經費與人力，希望在資源到位之情況下，協助地方政府在流行季來臨前，即預先做好登革熱防治工作，兩署未來亦將持續評估疫情狀況，適時提供地方政府必要之協助。
本（99）年截至4月13日，已有40例登革熱本土陽性病例，其中38例為去年疫情之延續，2例為今年3月之散發病例；境外移入46例，其中以印尼28例最多，其次為馬來西亞6例、越南及泰國各5例、菲律賓及秘魯各1例。