一、H1N1疫情防治
(一)因應H1N1新型流感疫情，啟動傳染病防治醫療網應變醫院，提升抗病毒藥物與快速篩檢之普及性，並藉由防疫醫療與教育體系之策略規劃與落實以及疫苗之全民接種，使我國新型流感防疫成效，與經濟合作發展組織（OECD）之會員國相比毫不遜色(如附圖)，死亡率為最低前三名。
(二)疫苗是控制傳染病的終極武器，雖出現疫苗緩打潮，但執行成果仍名列前矛，施打率占人口25%，全球第五；學生接種率75%，與韓國並列第一。
(三)疫病無國界，需要國家間及時的訊息交流與合作，此次更加證明我國參與WHO的重要性。
二、改革全民健康保險，推動二代健保新制
(一)全民健保實施以來，已達成全民納保、公平就醫之目標，並以相對低廉之醫療費用，提供民眾適切品質之醫療服務，歷年來維持七成左右之民眾滿意度，在國際上更有極佳之評價。
(二)但當前全民健保有幾項亟待改革之問題，包括：保險費負擔公平性應再改善、保險收支缺乏連動，財務失衡日益嚴重、民眾參與政策管道有限，難以課責、醫療品質亦有繼續加強空間。
(三)為儘速解決上述問題，本署積極檢討原行政院送請立法院審議之二代健保修法草案，並於今（99）年4月1日函送行政院，嗣於4月8日由行政院函請立法院審議。該法案之重點包括：擴大各界參與，共同承擔健保權責；建立收支連動、公平負擔之財務體制；推動以品質為導向、論質計酬之支付制度；強化品質與財務的資訊公開透明。
(四)經立法院就二代健保收入面、支出面、財務試算召開三次公聽會，安排二代健保保險費費基、藥價差、藥物差額負擔及轉診制度專案報告，目前行政院版全案99條文及其他委員新增10條文，已完成二輪逐條審查，共計通過80條、刪除3條，尚有26條仍保留中。
(五)本署後續仍將積極配合立法院審查，儘速推動二代健保改革，期待藉由新制之實施，能讓我國這個最重要的全國性社會保險制度，能夠長久穩健經營，完善保障全民之健康，並使民眾感受到全民健保持續走向更公平、有效率、重品質的方向。


三、參與WHA
(一)第63屆世界衛生大會（World Health Assembly）於本（99）年5月17日至21日於瑞士日內瓦萬國宮召開。衛生署楊志良署長率專家及官員15人代表我國與會。
(二)本屆大會總討論之主題為「與健康相關之千禧年發展目標（Health-related Millennium Development Goals）」，楊署長於全會總討論(General Discussion)，代表我國發言，分享我國在執行健康相關目標上，包括婦幼衛生及醫療照護體系之進展成就，並重申我國持續參與WHA，不僅對台灣人民有助益，更重要的，能強化全球防疫體系的完善及增加應對全球災害時的資源。
(三)本年我國以「專業參與、增進國際醫衛合作」為訴求，因此在這幾天的會議中，我代表團成員也就下列議題積極發言，包括「流感大流行準備（Pandemic influenza preparedness）」、「國際衛生條例之施行（Implementation of the International Health Regulations）」、「食品安全（Food safety）」、「病毒性肝炎（Viral hepatitis）」、「器官移植」、「氣候變遷」等12項國人關切之重要技術議題於會中發言，與各國分享我國之經驗，並掌握國際即時醫衛情勢，保障國人之健康福利。
(四)本年大會期間，我代表團也與美國、海地、瓜地馬拉及中國大陸等多個重要國家進行雙邊會談。美國衛生部長塞比留斯強調美國支持台灣參與更多的世衛活動並親自致函世界衛生組織（WHO）秘書長陳馮富珍，由此可見，國際間對於我以觀察員身分務實、常態化的參與世衛相關國際衛生事務相當支持。楊署長並與海地衛生部長 Alex LARSEN就瘧疾及結核病根除、醫護人員訓練、資助醫療器材及設備資訊化、建立全國緊急救護系統等議題晤談；與宏都拉斯部長Arturo Bendana PINEL就醫療器材、協助宏國改善嬰兒及孕產婦死亡率兩項議題交換意見。衛生署楊志良署長與中國大陸衛生部長陳竺也於本年大會期間，就食品安全、腸病毒、結核病、愛滋病等兩岸關切的衛生議題交換意見，期望以雙方的智慧，共謀兩岸人民的健康福祉。
(五)此外，楊志良署長與友邦瓜地馬拉衛生部長晤談時，瓜國提出請我國捐贈200萬劑H1N1新流感疫苗，此舉顯示台灣的醫療衛生科技發展已獲國際肯定，也是我國為國際衛生事務積極貢獻的具體實踐。
四、藥癮病人之治療與照顧(美沙冬替代療法)
(一)為減少愛滋藥癮者之感染人數，本署參酌國外的經驗，於95年開始推動「愛滋防治替代治療補助計畫」，補助愛滋藥癮個案參與替代療法之醫療費用。藉由該計畫之實施，國內愛滋疫情成長趨勢首次呈現反轉現象，與94年新增愛滋病毒感染人數3,381例相較，98年新增感染人數降為1,648例，減少51%，且以因施用海洛因感染愛滋人數減少最多，由94年的71%（2,410例），降至98年的11%（177例），顯見該計畫對於愛滋防治已略具成效。
(二)自98年起擴大辦理補助計畫，將非愛滋鴉片類藥癮病人納入補助對象。全國替代療法累計治療人數，則由96年底14,131人，增加至99年4月底31,298人，累計服藥人日數達838萬6908人日。截至99年4月底，仍在治療人數為11,502人。
(三)本署99年亦配合監獄醫療改善試辦計畫，於雲林監獄及基隆監獄實施美沙冬替代療法，將針對在監之藥癮被收容人，於出獄前評估提供其美沙冬藥品，配合出獄後各縣市毒品危害防制中心所推動之個案管理機制，輔以生活重建、職業訓練及就業輔導等措施，期能逐漸減少藥癮者對海洛因之依賴、降低健康風險、提高其就業率、改善治安隱憂。