為反映合理公平之支付標準及配合醫療科技發展，自99年6月1日起健保局增修訂19項支付標準之支付點數、適應症及中英文名稱，以符合實際臨床需要，保障病患權益。
(一) 新增三項支付項目涵蓋檢驗及處置：
1.「HLA-B 1502 基因檢測」-治療癲癇症、三叉神經痛、腎原性尿崩症及雙極性疾患的藥物卡馬西平 (Carbamazepine，CBZ)會引起嚴重型的藥物過敏，包括史帝文生症候群／毒性表皮鬆懈症，所以，欲使用該類CBZ藥物的患者，需於用藥前事先接受檢驗是否會引起嚴重型藥物過敏的基因檢測，並將該基因檢測結果註記於健保IC卡之過敏藥物欄位，提供醫師在開立該類藥物時的參考，可避免民眾產生藥物傷害，並節省因使用該類藥物所導致過敏的後續相關醫療費用，預估每年接受檢測人數約2,000人，檢測費用約增加健保支出0.066億點。
2.「上消化道息肉切除術」-對於自費胃鏡健康檢查依病情需要同時加做息肉切除術者申報，可減少重覆內視鏡檢查，節省健保支出。
3.「直腸抽取吸片術」-診斷及追蹤先天性巨結腸症之檢查工具，開放六歲以上病童及成人亦可申報，預估每年約有100位病患適用。
(二) 調增支付點數及修訂適應症，重點項目包括：
1.為重視嬰幼兒之照護，99年醫院總額協商特編列1億點作為調整嬰幼兒診療項目支付標準之用，本次調高新生兒中重度病床護理費點數17％，新生兒中重度病床診察費點數調高6％，以及部分處置較困難或原支付點數較低之嬰幼兒處置費如：新生兒光線治療、嬰兒保溫箱及嬰幼兒抽血等項目，予以點數調高30％-37％不等，以提升嬰幼兒照護品質。
2.「結石分析」-泌尿系統結石的復發率約五成左右，結石分析在預防結石再復發及病人衛教上扮演很重要的角色，支付點數由180點提升至500點，以反映新醫療儀器成本，預估每年約有12,000位病患適用。
3.「血型測定」及「RH(D)型檢查」-接受不同血型之骨髓或周邊血液幹細胞移植術後之病人不再設限只能申報一次。
4.「細胞遺傳學檢查」-除檢附解剖病理或口腔病理專科醫師之病理報告外，另增加血液病專科醫師及遺傳專科醫師亦得施行，以符臨床病患就醫所需。
5.「正子造影」-除原適應症之九項癌症外，將子宮頸癌亦納入適應症範圍，另將癌症分期、治療及懷疑復發或再分期之使用正子造影時機，及非腫瘤部分之適應症，均定義規範的更為明確，以利臨床治療有所依循。
6.「加馬機立體定位放射手術」-為因應新型加馬機儀器之進步，將腦內病灶適應症直徑大小由現行的3公分以下放寬至3.5×3.5×3.5公分以下，病灶數目不超過三處者，但個案仍須事前專案審查是否符合手術資格。
7.「骨盆檢查費」-無性經驗之婦女或女童，如有會陰病灶(如：外傷、皮膚異樣病變、增生性病灶等)，施以肛診、會陰視診、外陰觸診亦可申報。
8.「造血幹細胞移植冷凍保存費」-保存期限修訂為三個月至六個月，以避免長期間的冷凍保存造成資源浪費。
9.修訂「顯微鏡下鼓膜切開術，併鼓室通氣管插入」、「鼓膜切開術」、「傳統耳膜切開術」之中英文名稱。
上述增修訂支付標準合計約增加1.106億點。