對於監察院於今(8月5日)日發布對衛生署長期以來重視西醫藥，輕忽中醫藥發展所提糾正案乙事，衛生署鄭重表示，傳統醫藥，是世界古老文明傳續至今的智慧結晶，也是我國民眾習於選用之醫療方式之一，由於對中醫藥的重視，我國早已於民國50年代建立中醫專業人才養成教育制度。衛生署更於民國84年11月1日成立中醫藥委員會，掌理中醫中藥各項行政事務及研究發展工作。該會成立15年以來，以「中醫科學化」、「中藥現代化」、「整合與前瞻」作為施政理念，陸續擘劃「提昇中醫藥現代化與國際化發展方案」之施政架構，架構「建構中醫整體臨床教學體系計畫」、「建構中藥用藥安全環境計畫」及「中醫藥現代化與國際化整合型計畫」等三項中程施政計畫，有計畫地結合現代科學之技術及研究訓練方法推動各項業務，全面提昇中醫藥服務品質，包括：推動落實中醫臨床教學訓練，健全中醫師培育環境；辦理中醫醫事人員繼續教育計畫；推動中藥材包裝標示及中藥新藥開發，全面提昇中醫藥產業水準，健全中藥臨床試驗環境，並推動中醫藥科技發展及國際衛生事務等，相關成果如：成立15家中藥臨床試驗中心，比照各國藥典之編撰，公告以中藥為主的「臺灣傳統藥典」，117家中藥廠全面實施GMP，以類似美國FDA標準審核通過、核發中藥新藥許可證乙件，公告212種可同時提供食品使用中藥材、「中藥新藥臨床試驗基準」；推動中藥材全面包裝標示，發布324種應包裝標示之中藥材飲片品項；訂定中藥（材）重金屬、污穢物質及黃麴毒素等各種限量標準；辦理中醫醫院暨醫院附設中醫部門評鑑，公告44家中醫醫療機構負責醫師二年以上醫師訓練合格醫院名單；委託研究計畫成果取得中華民國專利6項、美國專利1項、技術移轉2項；積極參與國際衛生組織，成功舉辦第12屆、14屆國際東洋醫學學術大會（為世界衛生組織之附屬團體之一）等。
對於監察院指出，衛生署分配於中醫藥之預算及員額數似有偏低、中醫藥環境及體系亟待積極健全等節，衛生署將會虛心檢討。現值政府組織再造階段，衛生署將改制為衛生福利部，未來衛生福利部中，將會設置「中醫藥司」，成為部內業務單位，與醫事司相同地位，使中醫的管理與西醫一樣，並且也會於該司配置適當的專責人力與爭取預算，以推展中醫藥科學化與現代化的政策。至於衛生署署長或副署長中或未來的衛生福利部次長，宜有一人具中、西醫二種資格人擔任乙節，由於所涉及督導之衛生業務極為廣泛，必須加以審慎研議。另配合大陸開放二岸衛生醫藥合作之趨勢，衛生署亦正規劃對於中藥材品質管理之相關措施，未來，將可於相關的衛生協議架構下，強化中藥材的源頭管理。