建立良好、完善的醫療體系、提供民眾優質的醫療服務，進而追求全民的身心健康，是衛生署的職責。近來，長庚醫院將該院和醫師的法律關係解讀為合夥駐診拆帳一事，因其攸關整體醫療體系之正常發展，本人認為有釐清之必要，爰特此澄明。
我國的醫院設立與管理制度與美國並不相同。所以，長庚醫院與其醫師的關係也不能用美國之「開放醫院制度」來相比較。所稱「開放醫院制度」，係由醫師採獨立開業，再與多家醫院特約來提供其診治病人之住院醫療服務，是以，美國醫師多自稱「某某醫師」，而非為「某醫院醫師」。而長庚醫院的醫師依醫院之規定，不得自行在外開業或兼差，此與美國「開放醫院制度」大不相同，且美國此種制度在世界各國中也為特例。
再從保險給付面而論，我國亦與美國大不相同，美國之「開放醫院制度」下，保險公司將診察費與住院治療相關費用分別給付予醫師及醫院；而長庚醫院所稱之拆帳方式，則是由健保局將病人治療產生之所有醫療費用（含醫師診察費）全部給付予醫院後，再由醫院依據其薪資之計算方式分配給醫師。此種給薪方式並無不可，但原則上，醫師與醫院之關係仍屬僱傭。此外，長庚醫院為其醫師開立所得稅扣繳憑單時，由其給予醫師之淨所得中，再行扣除20%之執行業務成本，這與診所負責醫師需自行承擔人事、房屋、水電等營業成本完全不同，因為這些執行醫療業務成本已經由醫院加以攤提。所以，長庚醫院的醫師在申報所得稅時，如果可以從其淨所得中再扣除20%之執行業務成本，將對其他醫療機構形成不合理、不公平之競爭環境，對其他依法納稅的國民亦不公平，最終影響的仍是國民的就醫權益。
其次，依醫療機構設置標準對於醫師人力已明定，綜合醫院每10床應設置醫師1人以上。又「新制醫院評鑑基準」包括「制定合理之醫師人事考核辦法及升遷制度」、「訂定合理之醫師基本薪資制度」。「新制教學醫院評鑑基準」中「明訂有專任主治醫師教學獎勵辦法或措施，並能夠落實執行以鼓勵專任主治醫師投入教學活動」等，再再揭示醫院與醫師應為僱傭關係。因此長庚醫院對待其醫師視同夥伴關係，是為其內部管理理念，而長庚醫院在符合評鑑規定下，也可自行訂定醫師的合理薪資制度，例如拆帳制度。換言之，拆帳是支付薪資的一種方式，與是否為合夥關係或僱傭關係無關。但是，如果長庚醫院對外主張與醫師為合夥關係，則醫師無基本薪資，就可能違反前開評鑑基準，進而影響該院評鑑結果合格與否。此外，在概念上，合夥是有共同出資經營事業並共負盈虧，再依醫療法規定，醫療財團法人亦不得與他人為合夥事業之合夥人。所以，長庚醫院在精神上可視醫師為夥伴，但體制法令上醫師則為雇用。
總體而言，衛生署對於維護合理公平之醫療執業環境，及導正偏頗的醫院管理制度是責無旁貸。長庚醫院是全國最具規模的醫療服務機構、管理經營績效卓著，是眾多醫療院所效法學習的對象。該院在全民健保實施前，率先廢除民眾住院收取保證金之規定，在提供民眾的醫療照護服務亦有良好表現，令人激賞。但在若干的醫院管理方面，則有便宜行事、曲解法令之情事。衛生署身為衛生主管機關多年來未能積極予以導正，造成醫院未能及時修正致滋生困擾，為此，衛生署願向國人至表歉意，未來並將致力檢討改善，並持續為全民做好把關。如醫療機構經查證確實有不符法規之情事，必將依規定予以論處，以守護民眾的健康及就醫權益。