二代健保修法重要議題包括：擴大各界參與，共同承擔健保權責；建立收支連動、公平負擔之財務體制；推動以品質為導向、論質計酬之支付制度；強化品質與財務的資訊公開透明等。法案經立法院社會福利及衛生環境委員會99年5月20日完成審查，審議通過79條，保留27條。鑑於社會大眾對於二代健保仍有疑義，行政院衛生署歸納出「差額負擔」、「費基內涵」、「藥價問題」、「保費新制」四大議題，於11月底前分別於北、中、南三區，辦理溝通說明會。
行政院衛生署特邀請亞洲大學吳凱勳教授主持「差額負擔」議題，政治大學陳聽安教授主持「費基內涵」議題，陽明大學黃文鴻教授主持「藥價問題」議題，南華大學鄭文輝教授主持「保費新制」議題，全台共12場「二代健保溝通說明會」之時程表如附件。透過深入說明，以及與地方民意代表、學者專家、醫藥團體、被保險人代表等意見交流，期使各界能瞭解二代健保的真實全貌，進而支持其實施。