國際著名期刊PLoS ONE於11月4日刊登疾病管制局與中央研究院資訊科學研究所共同合作開發之流感大流行電腦模擬系統，該系統特殊之處在應用特定演算法後可大幅縮短模擬2,300萬人口經歷大流行所需之電腦運算時間（速度較2006年美國研究團隊快約1,000倍），因此可在相同的條件下重覆進行上百次甚至是上千次的模擬，以平均值估計出更精確的參數，以供作制定防治策略時之決策參考。
2006年中研院資訊所巨量資料運算實驗室的研究團隊即與該局合作，針對流感大流行發生時各種防治策略進行模擬。在2009年H1N1新型流感來襲時，於4月30日即曾以此系統模擬，發現如果做好機場檢疫，可將整個流行高峰期延後22天，可爭取寶貴時間做好疫前準備工作；亦針對H1N1新型流感疫苗接種時程進行模擬，結果顯示接種進度若延至2010年3月才完成，疫苗接種對疫情之效益影響不大，而當時中央流行疫情指揮中心正規劃2009年11月以後的H1N1新型流感疫苗接種時程，及時提供資訊提前接種期程，正是利用此模擬系統提供流感防治政策制定之另一例證。
在2009年5月8日中央流行疫情指揮中心指揮官與中央研究院院長即簽訂H1N1新型流感防治合作協議計畫，該協議即包含流感防治之電腦模擬研究。由疾管局提供電腦模擬的主要參考文獻、防治作為參數設定、疫情資料等，而中研院資訊所則為解決此複雜之運算問題投入相當多的人力以撰寫程式並進行系統評估；此次的合作乃結合傳染病流行病學與資訊工程兩領域的專家共同完成，更是跨領域合作、學術與政策結合之良好範例。