本（99）年12月21日第六次江陳會談，簽署「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」，本協議經本署審慎評估之後，將對國人健康、產業界所面臨較急迫的醫藥衛生問題優先納入合作範圍，同時以「對國內醫療體系衝擊最小化，全體國人健康安全保障最大化」作為合作前提，避免衝擊我國醫療體制及影響國人就醫的權益，並以五不為原則進行協商。
「海峽兩岸醫藥衛生合作協議」之文本共六章，條文計30條，內容包含「傳染病防治」、「醫藥品安全管理及研發」、「中醫藥研究與交流及中藥材安全管理」及「緊急救治」等四大合作領域，其中，產品安全管理將不涉及產品市場開放問題，本協議是兩岸恢復制度化之協商以來，所簽署的第15項協議，不但領域最廣、條文數量最多、最可以具體操作的一項協議，合作領域分別說明如下：
（一）傳染病防治
兩岸定期交換傳染病檢疫作為及疫情等資料，以便將傳染病成功阻絕境外，當爆發重大之傳染病疫情時，可以儘速取得對方最新疫情資訊，採取有效檢疫、防疫措施，預防疾病跨岸散播；對兩岸所關切之重大傳染病，進行疫苗研究合作，並且藉由兩岸業務主管部門之業務會商，分享傳染病防治之實務經驗，共同提升防疫能力。
（二）醫藥品（藥品、醫療器材、健康食品及化粧品）安全管理及研發
對兩岸醫藥品安全管理資訊、不良反應、不良事件，建立通報、處置與追蹤之機制；並就兩岸偽劣禁藥查處進行合作，有效杜絕不良醫藥品自大陸輸入台灣；在符合國際間公認之標準下，推動標準規範之調和化，縮小標準差距，提升審查能力，強化雙方安全管理機制，確保醫藥品安全與品質。
推動雙方新藥臨床試驗合作計畫，進行臨床試驗交流，加速新藥臨床試驗的進行，縮短藥物研發所需的期程。
（三）中藥材安全管理及中醫藥研究
建立中藥材的源頭管理機制，加強陸方輸出檢驗措施；並建立中藥材重大安全事件及不良反應之通報機制，以阻絕不安全中藥材於境外，同時進行兩岸中醫藥診療方法相關之研究與交流。
（四）緊急救治
建置即時而有效的兩岸緊急救治機制，遇有兩岸往來民眾發生重大之事故時，能迅速掌握其傷病者之人數、名單及其傷病情形，協助安排收治醫院與轉送之服務，讓兩岸人民的生命更有保障，傷病患之家屬更加安心。
「兩岸醫藥衛生合作協議」之簽署，將有下列預期效益產生：
（一）維護全體國人健康
隨著兩岸民眾往來日益頻繁，傳染病的傳播以及意外事故發生的可能性相對提高，簽署本協議後，將使我方能夠清楚掌握大陸地區傳染病之流行情形，進而據以及時研擬防制策略，並供我方人民前往大陸時之參考。
藉由簽署本項協議，亦可讓國人在大陸發生重大意外事故，及時獲得醫療救護，有效保障旅遊安全，讓國人的健康更加的有保障。
（二）保障消費大眾的權益
大陸是我們原物料之主要進口國，為了保障國人使用醫藥品及中藥材的品質安全，希望透過本項協議，促使兩岸醫藥品之安全管理，都能依照國際間公認的安全管理規範，以確保其安全無虞，並且加強偽劣禁藥及醫藥品不良反應及時通報，即時掌握產品上市後的監測資訊；建立中藥材之源頭管理機制，以便讓消費者用藥安全更有保障。
（三）兼顧國內產業發展
生技產業是現階段政府積極推動的下一個明星產業，同時也影響著國人健康權益，因此擬透過協議的簽署，推動大陸與台灣在新藥研發及臨床試驗之合作，俾在符合國際間公認標準的醫藥品管理規範底下，結合雙方各自優勢，建立兩岸這方面的合作平台，縮短新藥上市期程，協助國內生技產業發展。
醫藥衛生緊扣人民之健康福祉與社會安定，也直接影響到國家的競爭力。本署係以「維護全體國人健康」、「保障消費大眾權益」及「兼顧國內產業發展」三大目標，而與大陸簽訂兩岸醫藥衛生合作協議，希望循此建置兩岸制度化的合作機制，進而有效控管兩岸交流深化所可能衍生的醫藥衛生風險，為國人之健康做好把關工作，為大家營造出健康安心環境。