衛生署疾病管制局表示，世界衛生組織(WHO)幹事長陳馮富珍本（100）年1月17在世衛執委會表示，H1N1流感病毒病未消失，而是以季節性流感的型態存在，近期一些國家飽受H1N1流感疫情影響，而民眾反疫苗情結則令人擔憂。面對流感疫情的威脅，我國政府不遺餘力推動疫苗政策，已獲得良好成果，此外並提供重症或有重症傾向之病患使用抗病毒藥劑，該局呼籲民眾：若有感染流感且出現危險徵兆，應儘快就醫尋求有效的治療。
H1N1流感的傳染力很強，雖然絕大多數感染者是屬於輕症，但2歲以下兒童、65歲以上成人以及患有慢性心、肺、腎、肝、血液或代謝疾病（例如糖尿病）等潛在性疾病、孕婦、過度肥胖或免疫系統低下者等則為感染流感併發重症之高危險族群。民眾如有發燒、類流感症狀時，除就醫外應儘量在家休息，避免外出，但如出現呼吸短促、呼吸困難、血痰或痰液變濃、胸痛、意識改變、持續高燒三天以上、低血壓或嚴重腸胃症狀等危險徵兆，一定要立即就醫，以及早接受抗病毒藥劑治療。
流感抗病毒藥劑應儘量於罹病後48小時內使用，為因應流感大流行，我國與其他先進國家一樣，依據世界衛生組織的建議儲備包含口服克流感、吸入劑型瑞樂沙及靜脈注射Rapiacta（Peramivir）等三種劑型之流感抗病毒藥劑，目前公費流感抗病毒藥劑使用對象包括：流感併發重症通報病例、H5N1流感調查病例、伴隨危險徵兆之類流感患者、具重大傷病或心肺血管疾病、肝、腎及糖尿病等之類流感患者、經醫師評估需及時用藥之孕婦、過度肥胖之類流感患者及經傳染病防治醫療網正/副指揮官認可之類流感群聚事件等（如表一），致於非屬前述狀況之輕症患者則不屬公費抗病毒用藥對象。國際間除日本及美國對於免疫力較差之患者，於懷疑感染流感時會給予抗病毒藥劑治療外，其餘國家之使用並不像前述2個國家普遍，而且各國的流感抗病毒藥劑使用，幾乎都是病患自費或保險給付。
接種流感疫苗是全球公認預防流感最有效的武器，我國推動流感疫苗接種政策，接種對象（如表二）相較於美、英、日等先進國家僅提供65歲以上老人及慢性安養等機構住民等流感重症高危險群接種，涵蓋範圍更廣；每年所需疫苗的採購數量，更依照各類施種對象人口數、前年度之接種率與各縣市政府提出之需求量估算而得，另亦將因應突增之接種需求估算在內。每年10月1日開打，可使施打對象在流行季前即可獲得足夠保護，與歐美先進國家同步，相較於亞洲各國多在11月後開打，我國的步調領先群倫，本局亦持續透過多元管道進行全民教育，鼓勵民眾接種疫苗。目前99年10月開始施打的公費季節性流感疫苗298萬劑已使用95％，尚約有15萬劑（成人劑型約3.3萬劑，幼兒劑型約12萬劑）可供接種。此外，流感疫苗自費市場預估接種近30萬劑，粗估廠商仍有近20萬庫存，亦能提供民眾接種之需求。
根據疾管局監測資料，國內門急診類流感就診率已連續7週上升，急診就診率上週增幅近16%，預估流感疫情於農曆年達高峰，各年齡層之急診就診率以0-6歲幼兒最高，為每萬人有33人，其次為65歲以上族群。自2010 年7 月1 日起累計共785 例流感住院病例，其中主要為H3N2 型季節流感558 例，H1N1 新型流感住院病例194 例，流感感染者併發重症率平均為每千人1.9例，又以年齡65歲以上(每千人6.1例)和未滿6歲(每千人2.7例)者為高危險群。自2010 年7 月1 日起累計共41 例流感住院病例死亡，其中H3N2 流感28 例，H1N1 新型流感13 例。目前社區流行病毒以A/H1N1流感為(佔陽性檢體67%)與B型流感(佔陽性檢體18%)為主，主要流行株A/H1N1對青壯年具嚴重影響，因此，青壯年族群千萬別自恃身強力壯，而忽略流感的威脅及預防工作。