有關媒體報導指稱「進出口貨品時常被食藥署刁難」，食藥署澄清說明如下：

1. 食藥署立場始終是以維護我國民眾食品安全為優先考量，並以「加強管制 安全輸入」為宗旨，於邊境執行食品查驗，輸入食品及相關產品均需接受食藥署之審查，食藥署秉持著為輸入食品安全把關為原則，確實地核對各項證明文件、審查產品標示資訊及抽樣檢驗，待查驗結果符合規定後，始得輸入我國，部分案件查驗時間較長，係因檢驗時間或仍有待確認事項所致，絕無刻意刁難之情事。
2. 此外，為有效推動及強化輸入產品邊境查驗之業務效能，食藥署每年均定期辦理相關業者座談會或與相關公協會溝通，廣納各界建言及評論，以研議更符合時宜之輸入食品管理措施，共同保障消費者食用之衛生安全。