衛生福利部為減輕臺北醫院護理之家火災事故傷病患者及家屬的醫療費用負擔，特別指示健保署與臺北醫院共同討論有關本事故傷病患者的醫療費用墊付事宜。經討論決定由健保署依部立臺北醫院所提供之傷患名單，先行墊付健保不給付之醫療費用，包括部分負擔、病房差額、掛號費、膳食費及診斷書費用等，讓各收治傷病患之醫院不向病患收費，由臺北醫院專案返還，期病患安心養病，健保署儘速專函通知相關10家特約醫院配合辦理。

對於因火災事故未隨身攜帶健保卡的傷病患者，可以「例外就醫」方式直接就醫，因火災事故致健保卡遺失、毀損，健保署將免費換發新卡。