疾病管制局於2007年12月27日接獲一例疑似腸病毒感染併發重症死亡通報個案，經檢驗確認感染腸病毒71型，該局綜合臨床症狀與檢驗結果，判定個案為當年第6例腸病毒71型重症確定病例，亦為當年唯一一例因感染腸病毒71型死亡的病例。個案為南部1歲6個月大男童，12月24日起出現發燒與手足口病症狀，12月26日因症狀未改善，赴醫院急診，並進入加護病房治療，惟仍不幸因併發肺水腫導致呼吸衰竭而死亡。該局呼籲民眾，雖然目前並非腸病毒流行高峰期，仍然要小心防範，養成良好個人衛生習慣，時時勤洗手，避免感染。
根據疾病管制局監測資料顯示，腸病毒71型為導致重症與死亡的最主要型別，且自1998年的大流行後，即常態性的流行於臺灣地區，雖然自2005年後整體的分離數及流行幅度均不如先前明顯，惟自2007年下半年起，無論在實驗室或重症監測上均明顯可看出有上升趨勢；而隨著時序的變遷，其基因型別亦呈現出轉移（shift）的現象，1998年主要流行C2基因亞型，其後數年則以B4基因亞型為主，至2004、2005年間則改變為C4亞型，值得注意的是，在2006年腸病毒重症的確定案例中，發現新的基因亞型－C5，之後除了C4、C5基因亞型之外，更有未曾在臺灣發現過的B5基因亞型，此亞型於2007年10月首度出現，並集中於南臺灣地區，而12月時亦已出現於北臺灣，在2007年腸病毒重症的確定病例中，三種亞型皆有重症確定個案的發生。而C5基因亞型過去曾在2005年於越南造成流行，在173例確定案例中，有51名病患出現急性神經系統病變，並有3人死亡。在B5基因亞型方面，於2003年即已被監測到，並流行於馬來西亞沙勞越地區，且於日本山形縣造成境外移入的發生。
時序已進入2008年，目前雖非腸病毒流行期，然鑑於台灣地區位處亞熱帶及該病毒基因型別的改變，全年均有可能發生腸病毒感染的機會，故該局再次呼籲民眾，在日常生活中，不論大人與幼童，都務必落實勤洗手的好習慣，以有效降低感染的機會；當經醫師診斷感染腸病毒時，要注意觀察病童（尤其3歲以下嬰幼童更應注意）是否出現腸病毒感染併發重症的前兆病徵，如嗜睡、肌躍型抽搐、持續嘔吐、持續發燒等症狀時，請儘速送請小兒科醫師診治；臨床醫師診治病童時，須提高警覺，詳細問診，當病童出現重症前兆病徵時，亦應妥善處置，必要時轉診，掌握治療黃金時間。該局亦將持續加強手足口症及腸病毒71型之監測，以於其再度流行時能及早因應，並防範它所帶來的威脅。