依據流行病學資料顯示，日本腦炎流行季節為每年5月至10月，高峰期為6月至7月。疾病管制局統計近10年資料發現，日本腦炎確定病例之發病月份集中在5月至10月，除了1990年的首例病例出現在6月之外，1998年至2007年，5月份之日本腦炎確定病例約佔當年病例數的3%~39%，6月至7月到達高峰，該二個月的日本腦炎確定病例約佔當年確定病例數25%~94%，8月至10月則有零星病例出現。因此，該局提醒民眾，日本腦炎流行季節即將來臨。
　　今（2008）年截至4月18日為止，累計通報病例為56例，尚無確定病例，而去年首例日本腦炎確定病例出現在5月初。
　　感染日本腦炎的潛伏期為5-15天，且大部分為無症狀感染，少部分輕微病例會產生頭痛、發燒或無菌性腦膜炎等症狀，嚴重者則出現頭痛、高燒、昏迷、痙攣等症狀，嚴重者可能導致精神、神經性後遺症或死亡。
　　台灣地區日本腦炎主要病媒蚊為三斑家蚊及環蚊家蚊，而豬隻為主要增幅動物。日本腦炎病媒蚊喜歡?生於水田、灌溉溝渠、池塘、草地積水、大型容器等，吸血高峰期為黃昏與黎明時分。
　　疫苗接種是預防日本腦炎最有效的方法，目前日本腦炎疫苗每年集中接種時間為3月至5月，可延長至9月；年滿15 個月的幼兒，應接受2 劑注射，其間相隔2 週，隔年接種第3劑，小學一年級時再追加接種一劑，疾病管制局呼籲民眾，家中若有尚未依時程接種的幼兒，應儘速完成接種。除了預防接種外，儘量避免於病媒蚊活動高峰期在豬舍、其他動物畜舍或病媒蚊孳生地點附近活動，若無法避免，請穿著長袖長褲，身體裸露處塗抹衛生署核可之防蚊藥劑，睡覺時可掛蚊帳，以避免蚊蟲叮咬，降低感染風險。