馬祖地區居民過去就醫時，常因地理環境、交通容易受天候等因素影響，且因醫療人力、設備較為不足等問題，致民眾就醫困難重重，而隨著民眾生活水準提升、觀光資源逐漸發達，如何確保民眾就醫品質及權益，日顯其重要，於是中央健康保險局自89年3月1日起，於當地開始實施『馬祖地區醫療給付效益提昇計畫』（簡稱馬祖IDS計畫）。
馬祖IDS計畫已進入第5期，係由連江縣衛生局及連江縣立醫院為計畫執行中心，除整合當地四家衛生所之外，並藉由本島地區醫療，包括台北市立聯合醫院、國軍桃園醫院及行政院衛生署中南區聯盟等醫院，共同執行此一計畫。服務內容內容包含每月340診次之專科醫師診療，提供基本的內、外、家醫、婦、兒、精神等專科支援連江縣立醫院門診並巡迴各鄉衛生所，另亦加強夜間急診待診﹝每月32診﹞及相關醫事人員﹝護理人員、藥師、醫檢師、營養師、復健師、放射師、麻醉護士等﹞聘用等。另因馬祖地區居民年齡趨於老化，退化性骨科疾病患者甚多，本計畫亦有復健科、骨科、神經內科、神經外科專科醫師，支援連江縣立醫院提供門診服務，及聘用兩位物理治療師提供物理治療服務，使病患治療持續，並使復健服務醫療品質更加提昇。此外，行政院衛生署中南區區域聯盟醫院除持續提供一般民眾精神醫療需求外，更發展早期療育，將精神科由「治療」階段提升至「預防」階段。
馬祖地區各島嶼之間以「航運」交通工具為主，與台灣本島則以「航運、航空」為主要交通運輸工具，而這兩種交通工具仍會受天候影響，故於95年4月起並由連江縣衛生局輔助成立遠距醫療系統，提供遠距門診服務，以利提升離島醫療照護品質。另連江縣立醫院自94年7月起經連江縣衛生局及台北市立聯合醫院協助下成立醫療影像傳輸系統(PACS)，電腦斷層掃描儀亦於94年11月完成使用登記，故由臺北市立聯合醫院放射線科專科醫師透過PACS系統，直接進行診斷及判讀報告，目前X光判讀及電腦斷層掃描判讀分別各由一位醫師執行，依排班每月輪替，本計畫並提供每月6診次專科醫師判讀費用，以利當地居民接受檢查後，能及時透過PACS系統得知醫師專業判讀之檢查結果，掌握黃金治療時間。
本計畫開辦迄今已逾8個年頭，中央健康保險局為致力改善偏遠離島地區醫療品質，除持續與當地縣政府、衛生局、承作醫院密切合作、溝通，了解當地之醫療需求，並希望藉由IDS計畫持續推動，提供當地居民完備的專科醫療照護，補足居民迫切之醫療需求，未來亦期望建立更完善之醫療資源整合計畫，以促使離島地區居民與台灣本平地居民一樣享有良好之醫療照護品質，為離島地區居民的創造更多福祉！