針對疑似腸病毒重症患者的醫療與轉診問題，指揮中心表示，目前責任醫院共有61家，這些醫院可視為一個全國性的腸病毒重症醫療團隊，相互支援，無小兒加護病床不足的情形。
在病患轉診及病床調度方面，目前除透過醫院間相互聯繫外，未來民眾若有腸病毒就醫需求，亦可撥打1922專線諮詢，該專線會提供就醫院所建議，病患前往就醫時，如有轉診必要，或相關病床調度事宜，院方均會負責協調聯繫，傳染病防治醫療網各區指揮官亦會主動協助。