為因應腸病毒疫情，中央流行疫情指揮中心已於6/10正式成立，由於目前疫情仍在高峰期，為避免疫情繼續擴散，各相關單位除持續推動目前進行之各項防治工作外，該指揮中心宣佈將進行二項防治措施。
一、將公告強制停課標準，並函請各縣市政府依照辦理。「教（托）育機構因應腸病毒疫情停課原則」如下：小學低年級（一、二年級）、幼稚園與托兒所，於一週內同一班級有二名以上（含二名）幼童經醫師臨床診斷為手足口病或皰疹性咽峽炎時，該班級應停止上課十日，另衛生主管機關應與教（托）育機構及學童家長充分溝通，並督導及加強學童個人衛生教育（如勤洗手、戴口罩…）及環境消毒。各級教（托）育機構必須確實執行「學童生病應就醫、不上課、在家休息」的政策，以保障學童的健康，避免疫情擴散。各級教（托）育機構有隱瞞疫情而未依停課原則辦理者，地方衛生主管機關將依違反傳染病防治法第三十七條規定，依同法第七十條處三千元到一萬五千元罰鍰，若經地方衛生主管機關要求停課而拒不停課者，則依同法第六十七條重處六萬元到三十萬元罰鍰。
二、該指揮中心將透過新聞局、各縣市地方電台及電視台，加強宣導腸病毒防治之各項訊息，並針對高危險群（五歲以下嬰幼兒）之家長、照護者、隔代教養之祖父母等，進行分眾且集中之衛教宣導，以避免引起社會大眾無謂的恐慌。
臺灣地區每年腸病毒流行期約為4-10月，目前疫情南部縣市已稍趨緩，惟中部及北部地區病例數有逐漸上升的趨勢，由於嬰幼童感染腸病毒後，可能導致廣泛性的中樞神經傷害等後遺症，甚至死亡。該指揮中心呼籲全國學童家長、教師、幼童照護者除應以身作則注意個人衛生，並教導學童勤洗手外，更應隨時注意學童的身體健康狀況，特別注意防範。臨床醫師於診治病童時，須提高警覺，詳細問診，當病童出現重症前兆病徵時，亦應妥善處置，必要時轉診，以掌握治療黃金時間。有關腸病毒相關問題，可撥打1922傳染病諮詢專線洽詢，或參閱疾病管制局網站：http://www.cdc.gov.tw。