近年來中草藥產業已成為世界各國最具潛力的新興產業，因此，本會於92年向行政院提出「建構中藥用藥安全環境計畫」，於93年陸續實施，並奉行政院95年5月26日院臺衛字第0950000894號函核訂原則同意，積極推動及落實藥廠全面實施GMP、制定科學化的評估標準及相關平臺技術，進而促進中醫藥產業發展、技術創新及深度培訓多重專業人才…等良好的優質環境。
有鑑於廣防己、青木香、馬兜鈴、天仙藤及關木通等中藥材之製劑含有馬兜鈴酸，可能導致危害，行政院衛生署中醫藥委員會業於民國92年11月4日以署授藥字第0920002349號公告「含廣防己、青木香、關木通、馬兜鈴、天仙藤等中藥材之製劑，禁止製造、輸入、並註銷其藥品許可證」，共註銷相關許可證計50張，及以署授藥字第0920002350號「公告禁用廣防己、青木香、關木通、馬兜鈴、天仙藤等五種含馬兜鈴酸之中藥材」。
為確保民眾安全使用中藥，行政院衛生署中醫藥委員會自84年成立以來，每年皆持續辦理用藥安全之相關研討會，例如：最近曾於96年11月28-30日及96年12月12-14日，針對中藥廠品管人員及上游藥材供應商，辦理2場『中藥廠易混淆中藥材研習會』，教育訓練結果反應良好，有助於避免誤、混用之情形；由於這2場研習會，反應熱烈，為因應需求，本會於97年5月23-25日再辦理第三場研習會。此外，許多中藥商同業亦反應希望能充實誤、混用之相關知識；因此，本會續以各級中藥公會理監事、中藥進出口商及所屬從業人員為對象，於97年5月30日-6月1日辦理『台灣市售易混淆中藥材研習會』，藉由推動易混淆中藥材之課程訓練，及透過產業宣導模式，教導相關業者避免中藥材之混、誤用。