依據疾病管制局監視資料顯示，今年上半年造成腸病毒重症疫情嚴重之病毒型別為腸病毒71型，腸病毒重症疫情自6月下旬達到高峰後，雖已連續12週呈現下降趨勢，該局表示目前腸病毒71型流行幅度，雖不若上半年大， 9月份仍為腸病毒流行季節，且學校皆已開學，該局呼籲家有5歲以下幼兒的民眾及教保育機構，對腸病毒感染預防仍不可輕忽，務必要隨時注意個人、嬰幼兒及學童之衛生習慣及健康情形，教保育機構應加強學童入園(校)前、飯前便後及離園(校)之洗手習慣，民眾及學童自外面回家後，在摟抱、餵食家中嬰幼兒前，務必正確洗手，以降低將腸病毒傳染給嬰幼兒的機會，進而避免重症的發生。
該局最近於9月20日接獲一例4歲4個月的幼童疑似腸病毒感染併發重症通報個案，檢驗結果抗體呈陰性，該個案9月18日發病，診斷為泡疹性咽峽炎，9月19日請假未上學，惟晚間仍參加幼稚園之親師座談會之表演，而後於21:30突然發生抽搐，立即送至醫院就醫，經醫師搶救仍不幸於9月20日死亡，本局綜合流行病學及臨床診斷等資料研判為確定個案，為本年度腸病毒感染併發重症第13例之死亡個案，截至9月22日止，重症確定病例計有357例。
由於腸病毒重症的病程變化很快，所以若家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，要注意患者是否出現腸病毒感染併發重症的前兆病徵，如有持續發燒、煩躁不安、嗜睡、意識不清、活力不佳、肌躍型抽搐、持續嘔吐、頸部僵硬、肢體麻痺、呼吸急促、心跳加快等疑似併發重症的跡象時，請務必儘速就醫接受治療，掌握治療的黃金時間；此外，該局再次特別提醒家長及幼托機構，若幼兒感染腸病毒時，應即刻就醫，並請假在家休息，避免抱病上學，以利病情復原及減少將病原傳染他人之機會。