長久以來由於工業發展造成環境污染，加上受到人類濫用農藥等因素之影響，源自於動、植物及礦物等天然物之中藥材，極可能被污染。因此，對於中藥材及中藥製劑可能含有有害物質之議題，衛生署向來十分重視。
衛生署已責成中醫藥委員會將上述議題納入重要公共政策，就中藥製造業者於原料或製劑上應執行微生物、重金屬、農藥殘留之檢測標準進行研商，經整合各界意見，依法定程序呈核。衛生署目前業於97年9月12日修正發布「藥品查驗登記審查準則」第86條(附件一)，並於97年9月15日公告「中藥濃縮製劑含總重金屬之限量」(附件二)、「中藥濃縮製劑加味逍遙散等10個處方含總重金屬及砷含量之限量」(附件三)及「中藥濃縮製劑加味逍遙散等10個處方含微生物限量」(附件四)，供業界遵循，以維護國民健康。
此外，衛生署前依行政程序，陸續於民國93年1月13日公告「杜仲等七種中藥材之重金屬限量標準及其相關規定」、民國95年10月26日公告「中藥製劑污穢物質限量標準、碎片劑微生物限量標準」及民國95年11月10日公告「中藥藥材污穢物質限量標準」之管理規範。
未來，衛生署將進一步對中藥可能含微生物、重金屬、農藥殘留之問題加強管理，並制定檢測標準。除將相關公、協會建議之檢驗項目及數值納入制定政策之參考外，並將搜集歐美等先進國家已實施含微生物、重金屬、農藥殘留之限量標準數值，儘速訂出一合理之管理規範，使消費者用藥更為安心。