當此兩岸重啟協商大門之際，如何建立兩岸食品安全合作機制，也成了各方關注的重點，為了凝聚這方面之共識，衛生署特別於今天，邀請國內食品領域之專家學者們進行座談，希望他們能就如何建立兩岸食品安全合作議題，提出寶貴之意見與具體建議，也希望未來之兩岸協商機制，能多從制度面去考量，期能從制度上有效率的解決問題，確保從大陸進口的食品安全無虞，確保全體國人食品消費安全。
擔任此次會議主席之鄭慧文教授表示，台灣是仰賴食品進口國，從94年起至97年6月止，我國輸入食品來自中國大陸者其總量居第四位，所以如何確保兩岸交流食品安全衛生，以保障廣大消費者權益，是一項極重要的議題。
與會學者專家也都表示，加強兩岸食品安全議題，應該從制度面去解決，如何建立中國大陸進口食品管理機制、如何架構兩岸食品檢驗及認證之制度、以及如何建立常規性的食品資訊與技術之交流機制，都是兩岸應該作進一步討論和解決的問題。與會學者專家表示，在台灣食品界已推行多年的GMP、CAS、產品追溯、產銷履歷及食品安全管制系統(HACCP)、以及產品責任險等制度，都已獲致良好效益，現在應進一步推動海外認證機制，對於有在大陸設廠，將產品回銷到台灣來之業者，我方也應優先協助這些台商做好產品管控機制（如GMP），另外對大宗銷台的產品，也應逐步建立產銷履歷或由我方派員查廠或駐廠之機制，如此才能夠進一步確認中國大陸輸台產品安全無虞。
兩岸食品安全資訊與技術之交流方面，學者們也建議，應可在學術上儘速召開「兩岸食品安全專家會議」，借重學研界之專業，將一些在官方無法有效率處置的議題，例如食品安全管理制度、標準檢驗規格、實驗室之認證、雙方一致性的檢驗方法，甚至國際檢驗認證等項議題，都可列為討論項目，也可透過此機制的協助，提供兩岸早日達到共識。
衛生署將會把專家學者所提具體建議，彙整之後提供兩岸協商機制作進一步討論，也期望能夠在「兩岸食品安全協定」簽訂之後，專家們所提之具體建議能夠逐步實現。