為加強中藥材之管理，行政院衛生署中醫藥委員會自1999年開始，陸續公告中藥材之包裝標示規定，並於2007年12月25日公告「進口及市售中藥材飲片之標籤或包裝應標示事項處理原則」。
衛生署中醫藥委員會為避免中藥材誤、混用之發生，曾分別於最近兩年之內，針對中藥廠之品管人員及上游藥材之供應商，辦理4場『中藥廠易混淆中藥材研習會』、1場中藥材重金屬檢測之研習會；並預定於今年11月再辦理兩場之「中藥材污穢物質檢測及觀摩研習會」。希望藉由推動相關課程訓練，及透過產業之宣導模式，教導相關業者避免中藥材混、誤用之發生。
中藥材之管理，衛生署極重視，為落實此項之工作，已責成其所屬中醫藥委員會分三階段實施：第ㄧ階段為推動中藥材之包裝標示，以確認產品責任之歸屬；第二階段為針對重金屬、污穢物質及黃麴毒素等，陸續訂定各種限量標準，以確保其無安全之疑慮；第三階段則將要致力於完備中藥材之源頭管理機制，包括進口產品文書認證及落地追蹤等工作。
台灣市售之中藥材，絕大多數來自大陸，因此，落實中藥材之源頭管理，必須透過兩岸協商，建立雙方合作機制，才能真正克盡其功，有鑑於此，衛生署將會與大陸相關部門，加強這方面的合作關係，以解決自大陸進口中藥材之安全衛生問題，保障台灣民眾消費權益。