政府自民國64年開始實施醫學系公費生制度，藉由提供醫學生六年公費補助，公費生畢業後再至人力不足地區服務之方式，達成均衡醫師人力資源的目的。該制度實施30餘年來，不論公立醫院、基層或山地離島、偏遠地區醫師人力不足問題，都已逐步改善，確實已達成階段性之任務及政策之目的，因此衛生署審慎評估後，並配合立法院公費生應逐年減招之決議，決定自民國95年開始，逐年減招40名公費生，至98年完全停止招收。
公費生之培育停止後，衛生署將針對山地離島偏遠地區民眾醫療需求，制定以下配套措施：由衛生署所屬醫院遴派醫師支援山地離島偏遠地區之醫師人力、獎勵醫護人員前往提供緊急醫療服務、透過健保給付措施鼓勵醫師前往偏遠地區服務，以及增加地方養成公費生之培育名額，由每年平均培育10名增加至27名，且自97年度起培育學校由4家增加至5家。
至未來公費生停招後，是否造成清寒學生無法就讀醫學系之問題？經檢討後認為：因公費生培育，主要目的係在解決醫師人力分布不均問題，該制度經實施多年後，基層、偏遠地區醫師人力已有顯著改善，衛生署因此才調整培育政策。若有學生因為家庭經濟因素而影響其就學，宜由現行教育體系之獎學金制度或助學貸款等項措施加以協助，以資鼓勵清寒學生依其志願選擇各類科系就讀。